P10607119-8 A2 - Questel

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27 Proc. Natl, Acad. Sci. USA 90: 5873-5787. Uma medida de similaridade fornecida pelo algoritmo BLAST é a menor probabilidade de soma (P(N)), que fornece uma indicação da probabilidade pela qual um emparelhamento entre duas seqüências de nucleotídeo ou aminoácido ocorreriam ao acaso. Por 5 exemplo, uma seqüência é considerada similar a uma outra seqüência se a menor probabilidade de soma em comparação da primeira seqüência para a segunda seqüência for menor do que cerca de 1, preferivelmente menor do que cerca de 0,1, mais preferivelmente menor do que cerca de 0,01, e o mais preferivelmente menor do que cerca de 0,001. 10 Os homólogos tipicamente hibridizam com o polinucleotídeo relevante em um nível significantemente acima do fundo. O nível de sinal gerado pela interação entre o homólogo e o polinucleotídeo é tipicamente pelo menos 10 vezes, preferivelmente pelo menos 100 vezes, tão intenso quanto a "hibridização de fundo". A intensidade de interação pode ser medida, por 15 exemplo, pela radiorrotulação da sonda, por exemplo, com 32P. A hibridização seletiva é tipicamente obtida usando condições de severidade média a alta, (por exemplo, 0,03 M de cloreto de sódio e 0,003 M de citrato de sódio de cerca de 50° C a cerca de 60° C. As condições de hibridização severas podem incluir 50% de 20 formamida, 5x de Solução de Denhardt, 5x SSC, 0,1% de SDS e 100 µg/ml de DNA de esperma de salmão desnaturado e as condições de lavagem podem incluir 2x SSC, 0,1% de SDS a 37° C seguido por 1 x SSC, 0,1% de SDS a 68° C. Definir as condições de hibridização apropriadas está dentro da habilidade da técnica. Ver, por exemplo, Sambrook et al., supra. 25 O homólogo pode diferir de uma seqüência no polinucleotídeo relevante em menos do que 3, 5, 10, 15, 20 ou mais mutações (cada uma das quais pode ser uma substituição, duplicação, deleção ou inserção). Estas mutações podem ser medidas em uma região de pelo menos 30, por exemplo pelo menos 40, 60 ou 100 ou mais nucleotídeos contíguos do homólogo. Em
28 alguns casos as mutações podem ser medidas na região inteira do homólogo. Onde um polinucleotídeo codifica um polipeptídeo, as substituições preferivelmente criam mudanças "conservativas" no aminoácido codificado. Estes são definidos de acordo com a Tabela 1 abaixo. Os aminoácidos no 5 mesmo bloco na segunda coluna e preferivelmente na mesma linha na terceira coluna podem ser substituídos no lugar de um outro nas mudanças conservativas. Tabela 1 ALIFÁTICO Não Polar G A P I L V Polar não carregado C S T M N Q Polar carregado D E KR AROMÁTICO H F W Y O termo "fragmento" indica uma parte menor de uma entidade 10 maior. Fragmentos de elementos específicos aqui aludidos podem ser utilizados na invenção. Em particular, tais fragmentos reterão algumas ou todas as funcionalidades do elemento original e em particular qualquer uma das funções aqui mencionadas. Em exemplos preferidos um fragmento de um antígeno pode reter imunogenicidade e um fragmento de um adjuvante a 15 capacidade para atuar como um adjuvante. Em alguns exemplos, um fragmento pode ser pelo menos 50%, preferivelmente pelo menos 60%, mais preferivelmente pelo menos 70%, ainda mais preferivelmente pelo menos 80%, ainda mais preferivelmente pelo menos 90% e ainda mais preferivelmente pelo menos 95% do comprimento do original. Um fragmento 20 pode ser igual a ou menor do que tais porcentagens do comprimento do original. Os termos "indivíduo" e "indivíduo" são usados intercambialvelmente aqui para se referir a qualquer membro do subfilo
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