pep-2 - Lehrstuhl für Ernährungsphysiologie - TUM
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2.1.5.2 Primer <strong>für</strong> PCR-Amplifikationen zur Identifizierung des<br />
Mutantenallels <strong>pep</strong>-2(lg601)<br />
Tabelle 5: Informationen zu den Primern <strong>für</strong> die Identifizierung des Mutanten Allels <strong>pep</strong>-<br />
2(lg601).<br />
Primer-Name Primer-Sequenz Tm [°C] Position Länge<br />
[bp]<br />
Produkt länge<br />
[kb]<br />
<strong>pep</strong>-2_for1 GCAACACACTGTACGGAAC 56.7 siehe Graphik 19 wt: 2.1<br />
<strong>pep</strong>-2_rev1 CCAGTGGGTGCACCACAAGG 63.5 siehe Graphik 20 <strong>pep</strong>-2: 0.5<br />
<strong>pep</strong>-2_ko_for AAAAATTTGCAGCGGTCTTG 53.2 siehe Graphik 20 wt: 0.4<br />
<strong>pep</strong>-2_ko_rev GTTGCCACGGTTGAAGTTCT 57.3 siehe Graphik 20 <strong>pep</strong>-2: k. Produkt<br />
Abb. 14: Lokalisierung und Bestätigung der <strong>pep</strong>-2(lg601) Deletion in homozygoten<br />
Tieren mittels PCR [34].<br />
Um die Deletion von <strong>pep</strong>-2(lg601) nachzuweisen, wird eine Single-Worm-PCR (SW-PCR)<br />
mit <strong>pep</strong>-2 spezifischen Primern durchgeführt. Das Primerpaar 1 lagert sich außerhalb der<br />
deletion an, wodurch ein Wildtypfragment (2,1 kb) und ein <strong>pep</strong>-2 Deletionsfragment (0,5<br />
kb) entsteht (siehe Abb. 14 PCR 1). Die Homozygotie der Deletion kann mit Hilfe des<br />
Primerpaares 2 ermittelt werden, welches innerhalb der Deletion lokalisiert ist und <strong>für</strong> den<br />
Wildtyp ein 0,4 kb Fragment liefert, während ein homozygoter <strong>pep</strong>-2 Knockout keine<br />
Bande ergibt (siehe Abb. 14 PCR 2) [34].<br />
34
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