Biologia Molecolare Computazionale

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Perché abbiamo bisogno di algoritmi ◮ In linea di principio sarebbe possibile trovare l’allineamento ottimale di due sequenze semplicemente: 1. Scrivere tutti gli allineamenti possibili 2. Calcolare il relativo score 3. Scegliere il migliore ◮ Tuttavia questo è possibile soltanto per sequenze molto corte, in quanto il numero di allineamenti possibili cresce molto rapidamente al crescere della lunghezza della sequenza
Perchè abbiamo bisogno di algoritmi ◮ Supponiamo di avere due sequenze di n = 1000 residui ◮ Il numero di allineamenti possibili è ( 2n N = n ) ∼ 22n √ πn = 22000 √ 1000π ∼ 2 · 10 600
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Log-likelihood ratio Un sistema di
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Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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