Biologia Molecolare Computazionale

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Allineamento di sequenze aminoacidiche ◮ Nel caso di allineamento di sequenze di aminoacidi, un sistema di scoring come quello usato per le sequenze nucleotidiche non è adeguato, in quanto alcune sostituzioni sono più probabili di altre ◮ Quindi i mismatch avranno score diversi a seconda degli aminoacidi coinvolti (matrici di sostituzione) ◮ Gli algoritmi di allineamento funzionano nello stesso modo, eccetto che lo score per un match/mismatch varia a seconda degli aminoacidi coinvolti ◮ Le matrici di sostituzione più usate sono BLOSUM e PAM
Esercizio Usare le matrici di sostituzione BLOSUM62 e una linear gap penalty uguale a -5 per trovare un allineamento ottimale globale tra le sequenze HAG HEAE Soluzione: score 5 Allineamento: H - A G H E A E 8 -5 4 -2 5
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