Biologia Molecolare Computazionale

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Log-likelihood ratio Un sistema di scoring usato in pratica è il seguente: data una PWM M e una sequnenza S: dove S = log 2 P(S|M) P(S|B) ◮ P(S|M) è la probabilità di generare S a partire da M ◮ P(S|B) è la probabilità di generare S a partire dalle (appropriate) frequenze nucleotidiche di background
Esempio S = ACTGGA n A C G T 1 3 0 0 0 2 0 4 0 0 3 0 2 0 2 4 0 0 4 0 5 0 0 4 0 6 1 0 0 3 P(S|M) = 1 · 1 · 1 2 · 1 · 1 · 1 4 = 1 8 ( ) 6 1 P(S|B) = = 2 −12 = 4096 4 P(S|M) P(S|B) = 2−3 + 2 12 = 2 9 score = 9 (N.B. per evitare problemi con log(0) si aggiungono “pseudocounts” per le basi che non compaiono mai in ciascuna posizione)
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Allineamento Allineamento di sequen
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Allineamento Un esempio di allineam
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Score di un allineamento ◮ Due po
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