Biologia Molecolare Computazionale

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Costo di un albero 1 0 AAA 0 AAA 1 1 Cost = 3 AGA 0 1 0 AAA 1 AAA 0 0 Cost = 4 AAA 2 AAG AAA GGA AGA AAG AGA AAA GGA ◮ Elencare i possibili alberi ◮ Calcolare il costo per ogni albero ◮ Scegliere l’albero di costo minore
Alberi possibili Gli alberi si distinguono per ◮ Topologia ◮ Assegnazione delle specie esistenti alle foglie ◮ Assegnazione di sequenze ai nodi intermedi
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Page 3 and 4: Allineamento Allineamento di sequen
Page 5 and 6: Allineamento Un esempio di allineam
Page 7 and 8: Score di un allineamento ◮ Due po
Page 9 and 10: Algoritmi di allineamento ◮ Gli a
Page 11 and 12: Perchè abbiamo bisogno di algoritm
Page 13 and 14: Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ S
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Page 17 and 18: Esercizio Trovare un allineamento l
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Page 37 and 38: Esempio ◮ Considerare la matrice
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Page 41 and 42: Neighbor joining ◮ Calcolare la m
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Page 56 and 57: Esempio Usando lo scoring: match =
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Page 62 and 63: Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che

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