Biologia Molecolare Computazionale

More documents

Recommendations

Info

Scoring per allineamenti di sequenze nucleotidiche ◮ Per il momento adottiamo uno score semplice: ◮ Ogni match conta +1 ◮ Ogni mismatch conta -1 ◮ Ogni indel conta -2 ◮ Esempio 1: C T G T A C - G T A +1 -2 +1 +1 +1 +2 ◮ Esempio 2: C T G T A - - C - G T A -2 -1 -2 -1 -1 -2 -9
Algoritmi di allineamento ◮ Gli algoritmi di allineamento risolvono il seguente problema: dato un sistema di scoring e due sequenze, trovare l’allineamento (gli allineamenti) con lo score più alto tra tutti quelli possibili ◮ Gli algoritmi esatti individuano certamente il migliore allineamento, ma richiedono molte risorse di calcolo 1. Needleman-Wunsch: global gapped alignments 2. Smith-Waterman: local gapped alignments ◮ Gli algoritmi euristici non garantiscono che l’allineamento trovato sia il migliore possibile, ma sono molto più veloci 1. BLAST (gapped or ungapped local alignments)
Page 1 and 2: Biologia Molecolare Computazionale
Page 3 and 4: Allineamento Allineamento di sequen
Page 5 and 6: Allineamento Un esempio di allineam
Page 7: Score di un allineamento ◮ Due po
Page 11 and 12: Perchè abbiamo bisogno di algoritm
Page 13 and 14: Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ S
Page 15 and 16: Esercizio Trovare un allineamento g
Page 17 and 18: Esercizio Trovare un allineamento l
Page 19 and 20: Gap penalty affine: esempio ◮ Ese
Page 21 and 22: Esercizio Usare le matrici di sosti
Page 23 and 24: BLAST steps (simplified) 1. Generar
Page 25 and 26: Grafi ◮ Un grafo è un insieme di
Page 27 and 28: Ricostruzione di alberi filogenetic
Page 29 and 30: Distanze ◮ Una distanza è una re
Page 31 and 32: Distanza ultrametrica ◮ La distan
Page 33 and 34: UPGMA 1. Individuare le due specie
Page 35 and 36: Esempio ◮ Le distanze evolutive t
Page 37 and 38: Esempio ◮ Considerare la matrice
Page 39 and 40: Tree-derived distances ◮ Data una
Page 41 and 42: Neighbor joining ◮ Calcolare la m
Page 43 and 44: Rooting ◮ E’ possibile localizz
Page 45 and 46: Maximum Parsimony ◮ Trovare l’a
Page 47 and 48: Alberi possibili Gli alberi si dist
Page 50 and 51: Numero di alberi ◮ Il numero di a
Page 52 and 53: Esempio match = 1, mismatch = -1, d
Page 54 and 55: Algoritmi per l’allineamento mult
Page 56 and 57: Esempio Usando lo scoring: match =
Page 58 and 59:
Positional Weight Matrices Una desc
Page 60 and 61:
Log-likelihood ratio Un sistema di
Page 62 and 63:
Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
show all

Biologia Molecolare Computazionale

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?