Biologia Molecolare Computazionale

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Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ L’algoritmo di Needleman-Wunsch si basa sul fatto seguente: se si conoscono B i−1,j , B i,j−1 e B i−1,j−1 è possibile calcolare B ij ◮ Una volta ottenuto lo score dell’allineamento ottimale il traceback consente di ottenere l’allineamento o gli allineamenti corrispondenti
Esercizio Trovare un allineamento globale ottimale tra le sequenze CATT GAATCT Soluzione: score -2 Allineamento (non l’unico): C - A T - T G A A T C T -1 -2 +1 +1 -2 +1 -2
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Page 3 and 4: Allineamento Allineamento di sequen
Page 5 and 6: Allineamento Un esempio di allineam
Page 7 and 8: Score di un allineamento ◮ Due po
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Page 19 and 20: Gap penalty affine: esempio ◮ Ese
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Page 37 and 38: Esempio ◮ Considerare la matrice
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Page 56 and 57: Esempio Usando lo scoring: match =
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Page 62 and 63: Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che

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