Biologia Molecolare Computazionale

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Programmazione dinamica ◮ Gli algoritmi di programmazione dinamica suddividono il problema iniziale (trovare l’allineamento ottimale di due sequenze) in sottoproblemi più semplici e costruiscono progressivamente la soluzione del problema globale usando le soluzioni dei sottoproblemi ◮ L’algoritmo di Needleman-Wunsch calcola lo score dell’allineamento ottimale di due sequenze in base agli score degli allineamenti ottimali delle loro sottosequenze, progressivamente più lunghe
Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ Sequenze: x = X 1 X 2 . . . X m y = Y 1 Y 2 . . . Y n ◮ L’algoritmo costruisce la matrice B tale che B ij è lo score dell’allineamento ottimale tra le prime i lettere di x e le prime j lettere di y ◮ I valori di B ij vengono calcolati progressivamente fino a ottenere B mn , che è lo score dell’allineamento ottimale tra x e y
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Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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