Biologia Molecolare Computazionale
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Esempio<br />
S = ACTGGA<br />
n A C G T<br />
1 3 0 0 0<br />
2 0 4 0 0<br />
3 0 2 0 2<br />
4 0 0 4 0<br />
5 0 0 4 0<br />
6 1 0 0 3<br />
P(S|M) = 1 · 1 · 1<br />
2 · 1 · 1 · 1<br />
4 = 1 8<br />
( ) 6 1<br />
P(S|B) = = 2 −12 = 4096<br />
4<br />
P(S|M)<br />
P(S|B) = 2−3 + 2 12 = 2 9<br />
score = 9<br />
(N.B. per evitare problemi con log(0)<br />
si aggiungono “pseudocounts” per le<br />
basi che non compaiono mai in<br />
ciascuna posizione)