Biologia Molecolare Computazionale

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Esempio match = 1, mismatch = -1, d = -2 A A C G A A C T A - C T A G C T +6 -7 +6 0 =5
SP scores: problema A A C T G G A A C T G G A A C A G G A A C T G G A A C T G G +10 +10 +10 +2 +10 +10 =52 ◮ Per N sequenze una colonna di T vale N(N−1) 2 ◮ Un singolo mismatch costa N − 1 ◮ Costo relativo di un singolo mismatch: 2/N: decresce all’aumentare di N Over-counting of evolutionary events
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