Biologia Molecolare Computazionale

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Tipi di allineamento ◮ Globale: si allineano le sequenze intere ◮ Locale: si allineano sottosequenze delle sequenze di partenza ◮ Gapped: sono permessi indels ◮ Ungapped: non sono permessi indel ◮ Pairwise: di due sequenze ◮ Multiple: di più di 2 sequenze
Score di un allineamento ◮ Due possibili allineamenti di CTGTA e CGTA C T G T A 1. C - G T A 2. C T G T A - - C - G T A ◮ Il primo è migliore in quanto richiede un numero minore di cambiamenti (sostituzioni e inserzioni/delezioni) ◮ E’ necessario definire uno score per confrontare quantitativamente gli allineamenti
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Page 3 and 4: Allineamento Allineamento di sequen
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Esempio Usando lo scoring: match =
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Positional Weight Matrices Una desc
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Log-likelihood ratio Un sistema di
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Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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