Biologia Molecolare Computazionale

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BLAST Algoritmo euristico per allineare ◮ Query sequence vs target sequence ◮ Query sequence vs sequence database Versione originale: ungapped alignments. BLAST2: gapped alignments.
BLAST steps (simplified) 1. Generare una lista di tutte le parole di k (p.es. k = 3 per proteine) lettere nella query PQGEFG → (PQG, QGE, GEF, EFG) 2. Per ognuna di queste generare una lista di tutte le possibili parole di 3 lettere che allineate danno un punteggio maggiore di una soglia T (p.es. T = 13 con BLOSUM62) PQG → PQG (18) PEG (15) . . . 3. Cercare nella sequenza target queste parole ed allinearle alla parola della query 4. Estendere in modo massimale gli allineamenti nelle due direzioni (ottenendo gli High Scoring Pairs) 5. Se possibile unire gli HSP per ottenere allineamenti più lunghi.
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