Biologia Molecolare Computazionale

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Positional Weight Matrices Una descrizione più accurata è data dalla PWM: A C C G G T A C T G G T - C T G G A A C C G G T A C Y G G W n A C G T 1 3 0 0 0 2 0 4 0 0 3 0 2 0 2 4 0 0 4 0 5 0 0 4 0 6 1 0 0 3
Ricerca di TFBS con PWM Le PWM possono essere usate per identificare potenziali binding sites di TFs: ◮ Considerare le sequenze regolatrici dei geni di interesse (promotore, primi introni, ...) ◮ Fare “scorrere” la PWM sulla sequenza calcolando uno score a ogni posizione ◮ Lo score esprime la somiglianza tra la sequenza e la matrice
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Allineamento Allineamento di sequen
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Allineamento Un esempio di allineam
Page 7 and 8: Score di un allineamento ◮ Due po
Page 9 and 10: Algoritmi di allineamento ◮ Gli a
Page 11 and 12: Perchè abbiamo bisogno di algoritm
Page 13 and 14: Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ S
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Page 19 and 20: Gap penalty affine: esempio ◮ Ese
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Page 29 and 30: Distanze ◮ Una distanza è una re
Page 31 and 32: Distanza ultrametrica ◮ La distan
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Page 35 and 36: Esempio ◮ Le distanze evolutive t
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Page 39 and 40: Tree-derived distances ◮ Data una
Page 41 and 42: Neighbor joining ◮ Calcolare la m
Page 43 and 44: Rooting ◮ E’ possibile localizz
Page 45 and 46: Maximum Parsimony ◮ Trovare l’a
Page 47 and 48: Alberi possibili Gli alberi si dist
Page 50 and 51: Numero di alberi ◮ Il numero di a
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Page 56 and 57: Esempio Usando lo scoring: match =
Page 60 and 61: Log-likelihood ratio Un sistema di
Page 62 and 63: Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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