Biologia Molecolare Computazionale

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Allineamento di sequenze Problema Date due sequenze (nucleotidiche, aminoacidiche o altro) determinare se sono sufficientemente simili da farci ritenere che siano derivate da un progenitore comune attraverso processi di mutazione.
Allineamento Un esempio di allineamento delle sequenze CGGGTATCCAA e CCCTAGGTCCCA è C G G G T A - - T C C A A C C C - T A G G T C C C A ◮ Il simbolo “-” (indel) rappresenta un’inserzione o una delezione avvenuta durante la storia evolutiva che ha portato alle due sequenze ◮ Una sequenza di L indel consecutivi si dice gap di lunghezza L: questo allineamento ha un gap di lunghezza 1 e uno di lunghezza 2
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Algoritmi per l’allineamento mult
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Esempio Usando lo scoring: match =
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Positional Weight Matrices Una desc
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Log-likelihood ratio Un sistema di
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Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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