Biologia Molecolare Computazionale

Neighbor joining
◮ Calcolare la matrice delle δ
◮ Unire la coppia di specie con il delta più piccolo attraverso
un nodo interno r 1 con le distanze
d(x, r 1 ) =
d(x, n) − d(y, n) + d(x, y)
2
d(y, n) − d(x, n) + d(x, y)
d(y, r 1 ) =
2
dove n è un’altra foglia qualsiasi
◮ Sostituire x e y con r 1 . La distanza tra r 1 e le altre foglie è
data da
d(r 1 , n) =
d(x, n) + d(y, n) − d(x, y)
2
◮ Ripetere fino a che non si ricostruisce l’intero albero