Biologia Molecolare Computazionale

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Algoritmi per l’allineamento multiplo ◮ Esistono algoritmi di programmazione dinamica per l’allineamento multiplo, ma sono utilizzabili solo per N piccolo ◮ Tra gli algoritmi euristici i più comuni sono gli algoritmi di allineamento progressivo: ◮ Allineare due sequenze ◮ Allineare una terza sequenza all’allineamento ottenuto ◮ Continuare ad aggiungere una sequenza alla volta all’allineamento
Algoritmo di Feng-Doolitle 1. Trovare tutti gli N(N − 1)/2 pairwise alignments delle N sequenze 2. Costruire un albero “filogenetico” usando come distanza una funzione dello score dei pairwise alignments 3. Allineare le due sequenze “evolutivamente” più vicine 4. Allineare gli altri nodi dell’albero nell’ordine i cui sono stati aggiunti all’albero Per allineare due insiemi di sequenze, calcolare tutti i pairwise alignments e usare il migliore
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Page 3 and 4: Allineamento Allineamento di sequen
Page 5 and 6: Allineamento Un esempio di allineam
Page 7 and 8: Score di un allineamento ◮ Due po
Page 9 and 10: Algoritmi di allineamento ◮ Gli a
Page 11 and 12: Perchè abbiamo bisogno di algoritm
Page 13 and 14: Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ S
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Page 17 and 18: Esercizio Trovare un allineamento l
Page 19 and 20: Gap penalty affine: esempio ◮ Ese
Page 21 and 22: Esercizio Usare le matrici di sosti
Page 23 and 24: BLAST steps (simplified) 1. Generar
Page 25 and 26: Grafi ◮ Un grafo è un insieme di
Page 27 and 28: Ricostruzione di alberi filogenetic
Page 29 and 30: Distanze ◮ Una distanza è una re
Page 31 and 32: Distanza ultrametrica ◮ La distan
Page 33 and 34: UPGMA 1. Individuare le due specie
Page 35 and 36: Esempio ◮ Le distanze evolutive t
Page 37 and 38: Esempio ◮ Considerare la matrice
Page 39 and 40: Tree-derived distances ◮ Data una
Page 41 and 42: Neighbor joining ◮ Calcolare la m
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Page 45 and 46: Maximum Parsimony ◮ Trovare l’a
Page 47 and 48: Alberi possibili Gli alberi si dist
Page 50 and 51: Numero di alberi ◮ Il numero di a
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Page 56 and 57: Esempio Usando lo scoring: match =
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Page 62 and 63: Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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