Biologia Molecolare Computazionale

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Algoritmo di Smith-Waterman ◮ L’algoritmo di Smith-Waterman trova l’allineamento locale ottimale tra due sequenze, ovvero l’allineamento di score più alto tra tutti quelli possibili tra una qualsiasi sottosequenza di x e una qualsiasi sottosequenza di y ◮ L’algoritmo procede in modo simile a Needleman-Wunsch eccetto che: 1. Ogni volta che B ij è negativo, si scrive 0 2. Il traceback non parte da B mn ma dallo score più alto trovato sulla tabella
Esercizio Trovare un allineamento locale ottimale tra le sequenze CATT GAATCT Soluzione: score 2 Allineamento: A T A T +1 +1 +2
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Page 3 and 4: Allineamento Allineamento di sequen
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Page 13 and 14: Algoritmo di Needleman-Wunsch ◮ S
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Page 62 and 63: Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che

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