Biologia Molecolare Computazionale

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Esempio Usando lo scoring: match = 1; mismatch = -1; gap=-2 allineare AAG, ATG, AA : A A G A T G A A - +3 -1 -3 =-1
Applicazione: Positional Weight Matrices ◮ Siti di legame di TF: ◮ Brevi sequenze di DNA (∼ 6 − 15 bps) ◮ Non completamente conservate ◮ Una descrizione possibile è la sequenza consensus, ricavabile da un allineamento multiplo di siti di legame noti: IUPAC codes: ◮ Y = pyrimidine (C or T) ◮ W = T or A A C C G G T A C T G G T - C T G G A A C C G G T A C Y G G W
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Allineamento Allineamento di sequen
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Page 62 and 63: Ricerca di TFBS ◮ Ogni volta che
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