03/2004 - Die DPG

Persistent Identifier: urn:nbn:de:0294-pm-2004-3-7
schung zur Verfügung stehenden Methoden der Transkriptionsanalyse sind
für die Erstellung von Transcriptionsprofilen phytopathogener Pilze jedoch
wenig geeignet. Die klassische Methode der subtraktiven Hybridisierung
liefert nur einzelne Genfragmente und gewährt keinen globalen Einblick in
das Transkriptom. Auch das Differential Display und cDNA-AFLP liefern in
ihren Standardformen keine quantitativ auswertbaren Transkriptionsprofile,
sondern werden vielmehr für die Klonierung einzelner Gene genutzt. Bei
anderen Methoden handelt es sich entweder um geschlossene Systeme (Microarrays,
differentielle Hybridisierung) oder sie liefern repräsentative Ergebnisse
für schwach exprimierte Gene nur bei einem hohen
Sequnzierungsaufwand (SAGE, EST-Sequenzierung). Hochdurchsatzsysteme
MPSS (Lynx Therapeutics, Inc.) und GeneCalling (CuraGen Corporation)
besitzen diese Nachteile nicht, sie stehen der akademischen Forschung jedoch
selten zur Verfügung.
Ziel unserer Arbeit war, Differential Display weiter zu entwickeln, damit
diese Methoden für die Erfassung des globalen Transkriptionsprofils unseres
Modellpathogens Leptosphaeria maculans nach seiner Interaktion mit der
Wirtspflanze genutzt werden kann. Zunächst wurde durch eine konsequente
Trennung der Auswertung der Bandenmuster vor ihrer präparativen Gewinnung
eine Basis für die Erzeugung qualitativ hochwertiger Daten geschaffen.
Eine quantitative Auswertung der Bandenmuster mit anschließender numerischer
Bearbeitung der Daten lieferte statistisch auswertbare Transkriptionsprofile.
Diese Modifizierung des Differential Displays bzw. der cDNA-
AFLP-Methode ermöglicht die Erstellung von globalen Transkriptionsprofilen
pathogener Pilze zu vertretbaren Kosten.
Analyse des Transkriptoms mehltaubefallener Gerste
Zierold, U. und Schweizer, P., IPK Gatersleben, Corrensstraße 3, 06466 Gaterswe
leben
Die pflanzliche Epidermis ist von grundlegender Bedeutung für die Wirt- und
Nicht-Wirt-Abwehr einer großen Anzahl von Pilzkrankheiten, einschließlich
des Gerstenmehltaus, der durch Blumeria graminis (DC.) E.O. Speer f.sp.
hordei verursacht wird. Um den Mechanismus in der Epidermis, der letzlich
zu Anfälligkeit oder dauerhafter Resistenz führt, besser zu verstehen, charakterisierten
wir das Transkriptom der isogenen Linien Ingrid Mlo (anfällig)
und Ingrid BC mlo5 (resistent). Ein cDNA Array, der mit 3136 Genen die
mRNA Population der Epidermis mehltaugestresster resistenter Gerste (Ingrid
BC mlo5) repräsentiert, wurde mit cDNA Sonden aus Spoßepidermis
beider isogener Linien, inokuliert und nicht inokuliert, hybridisiert. 242 diffe-
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