ASReml-S reference manual - VSN International

Contentsvi7 The asreml class and related methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 687.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 687.1.1 asreml.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 687.2 The asreml object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 707.3 Methods and related functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 717.3.1 wald.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 717.3.2 coef.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 727.3.3 fitted.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 727.3.4 plot.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 737.3.5 predict.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 747.3.6 resid.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 747.3.7 summary.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 747.3.8 update.asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 757.3.9 asreml.Ainverse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 757.3.10 asreml.constraints . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 767.3.11 asreml.gammas.ed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 777.3.12 asreml.read.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 787.3.13 asreml.variogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 787.3.14 addAsremlMenu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 797.3.15 removeAsremlMenu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 798 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 808.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 808.2 Split Plot Design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 808.3 Unbalanced nested design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 848.4 Sources of variability in unbalanced data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 878.5 Balanced repeated measures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 898.6 Spatial analysis of a field experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 958.7 Unreplicated early generation variety trial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008.8 Paired Case-Control Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1058.9 Balanced longitudinal data - Random coefficients and cubic smoothingsplines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113A Some technical details about model fitting in asreml . . . . . . . . . . . . . . . . 121A.1 Sparse versus dense . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121A.2 Ordering of terms in asreml . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121A.3 Aliasing and singularities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121A.3.1 Examples of aliasing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122