Relações filogenéticas, biogeografia histórica e evolução da ...

Capítulo 1Em geral, mais de uma topologia e valores de parâmetros apresentam probabilidades altas emuito próximas, portanto, é obtida uma amostragem de hipóteses mais prováveis ao invés de umaúnica topologia. As porções congruentes das várias topologias podem ser sumarizadas em umatopologia consenso onde a probabilidade posterior aproximada de cada clado pode ser representada eé uma forma de avaliar seu suporte. Utilizando um número muito grande de gerações, é possívelamostrar as regiões com maior probabilidade do espaço de parâmetros, o que torna o algoritmo bemacurado (Holder e Lewis, 2003). No entanto, não é possível saber se a MCMC atuou tempo suficientepara prover estimativas confiáveis das probabilidades posteriores. Uma estratégia recomendada é ageração independente de várias MCMC, com números altos de gerações para verificar seindependentemente as mesmas hipóteses são recuperadas no equilíbrio de cada uma delas(Shoemaker e col., 1999; Huelsenbeck e col., 2001; Felsenstein, 2004).1.4. Mapeamento de caracteres em uma hipótese filogenética1.4.1. Aspectos geraisPara entender vários aspectos dos processos evolutivos, não basta conhecer os estados doscaracteres dos organismos atuais, mas também precisamos saber como eram os estados nos seusancestrais. Embora o registro fóssil forneça informações a respeito de várias características físicas ecomportamentais dos organismos ancestrais, em diversos casos, os fósseis não estão disponíveis ounão estão suficientemente preservados para obter a informação necessária. A fim de preencher essalacuna, uma alternativa que vem sendo empregada amplamente é a inferência do estado dosorganismos ancestrais, a partir do mapeamento dos estados de caracteres presentes nos organismosatuais em uma hipótese filogenética. Vários erros estão associados a esse tipo de análise, entre eles oda hipótese filogenética e o da reconstrução dos estados ancestrais do caráter. Apesar disso, essaferramenta tem se revelado útil nas mais diversas áreas do conhecimento evolutivo, por exemplo, nareconstrução de receptores de estrógeno ancestrais (Thornton e col., 2003), na inferência decomportamentos ancestrais de abelhas (Schwarz, e col., 2003) e na identificação de padrões dedispersão de grupos (Waters e Roy, 2004). As inferências dos estados nos ancestrais podem serrealizadas pelos métodos de máxima parcimônia ou máxima verossimilhança (Maddison e Maddison,2004).15