Relações filogenéticas, biogeografia histórica e evolução da ...

Capítulo 3codificadores não apresentam códons de parada inesperados ou alteração no quadro de leitura ealinharam com as correspondentes dos mesmos indivíduos amplificadas previamente com diferentecombinação de primers (Miyaki e col. 1998, Tavares e col., 2004, Tavares e col., in prep.); e (4) asimulação da estrutura secundária dos DNAt sugere que os mesmos devem ser funcionais.As seqüências obtidas no presente trabalho (números de acesso em processo de submissão aoGenBank), assim como o conjunto analisado incluindo seqüências de trabalhos anteriores estãorepresentados nas figuras 3.2 e 3.3. A amplificação com o par de primers CBL15637 e ND6H16522resultou em mais de uma banda (de aproximadamente 600 e 900 pb) para os táxons Diopsittaca nobilis,Guarouba guarouba e Cyanopsitta spixii. Portanto, para esses táxons, os “primers” CBL15637 e CR522Rbforam usados para obter cerca de 2 kb de produto. As amplificações com os “primers” Lthr16064 eCR522Rb em amostras de Amazona xanthops e Graydidascalus brachyurus, sempre resultou emseqüências ambíguas e ilegíveis, portanto, não foi possível comparar essa região com as homólogas nosdemais grupos. No entanto, em ambos os táxons o segmento amplificado de 700 pb entre esses “primers”possui tamanho incompatível com a ordem comum, cujo tamanho esperado seria em torno de 1300 pb, jáque inclui todo o gene NADH6 e uma porção de 500 pb da RC, sugerindo que esses táxons apresentam aordem alternativa (Figura 3.1d). Além disso, outras seqüências de Graydidascalus brachyurus foramobtidas (Figuras 3.1 e 3.3), confimando a existência da ordem de genes alternativa nesse táxon.Em casos onde mais de um indivíduo da mesma espécie foi seqüenciado, a variação encontradaentre os indivíduos da mesma espécie foi menor do que aquela encontrada na comparação entre gêneros.Portanto, nas análises subseqüentes, foi utilizada a seqüência consenso para cada gênero, exceto paraAratinga, cujas espécies amostradas são representantes de linhagens independentes (Tavares e col.,2004; Ribas e Miyaki, 2004).Os resultados obtidos sugerem que os táxons que apresentam a organização comum dos genes aoredor da região controladora são: Anodorhynchus hyacinthinus, Ara ararauna, Aratinga aurea, Aratingaleucophthalmus, Aratinga solstitialis, Bolborhynchus lineola, Brotogeris chiriri, Cyanoliseus patagonus,Cyanopsitta spixii, Diopsittaca nobilis, Enicognathus leptorhynchus, Guarouba guarouba, Myiopsittamonachus, Nandayus nenday, Nannopsittaca dachileae, Orthopsittaca manilata, Primolius auricollis,Pyrrhura picta e Rhynchopsitta pachyryncha (Figuras 3.1b e 3.2). Os táxons que apresentam aorganização alternativa dos genes ao redor da região controladora são: Amazona xanthops, Deroptyusaccipitrinus, Forpus crassirostris, Graydidascalus brachyurus, Pionites leucogaster, Pionopsitta barrabandi,Pionopsitta pileata e Triclaria malachitacea (Figuras 3.1d, 3.1e e 3.3).69