Relações filogenéticas, biogeografia histórica e evolução da ...

Capítulo 2gama de cada gene. Esses dados foram convertidos pelo paml2modelinf do pacote multidistribute paraum formato reconhecido pelo estbranches do pacote multidistribute, que estima os tamanhos de ramoe seus respectivos valores de variância-covariância. Análises de MCMC foram realizadas nomultidivtime para aproximar os valores de distribuição posterior das taxas de substituição e tempos dedivergência. Os parâmetros iniciais da distribuição a priori foram 9,0 e 0,2 para rttm (média a priori dadata da raiz do grupo interno) e rttmsd (desvio padrão da rttm), respectivamente e 0,094 para rtrate(média a priori da distribuição da taxa de evolução molecular na raiz do grupo interno, aqui estimadapelo valor da mediana dos tamanhos de ramo de cada terminal até a raiz sobre o valor da rttm) ertratesd (desvio padrão da rtrate). Um grande valor de desvio padrão (rttmsd e rtrates) foi escolhidopara permitir que os genes apresentem uma grande variação nas taxas ao longo do tempo, já que ainformação das taxas a priori é desconhecida (Thorne e Kishino, 2002). Várias simulações foramrealizadas para verificar a convergência do algoritmo MCMC comparando os valores de distribuiçãoposterior dos tempos de divergência, tamanho de ramo e proporção de mudanças das diferentescorridas. Esse método aceita amostragem incompleta dos táxons para os diferentes genes, por issoRAG-1 foi incluído na análise mesmo sem a seqüência de Strigops habroptilus.Diversos estudos independentes de datação molecular em linhagens de aves apontam aorigem de várias ordens de Neoaves37