Relações filogenéticas, biogeografia histórica e evolução da ...

Capítulo 2TTCAGTTTTGGTTTACAAGAC -3’) para o citocromo b (Kocher e col., 1989); MetL (5’- AAGCTATCGGGCCCATACCCG –3’), ND2H (5’- CCTTGAAGCACTTCTGGGAATCAGA -3’), ND2-54H (5’- GGGGTGGTGAGATTTTGCGA- 3’) e ASNH (5’- GATCRAGGCCCATCTGTCTAG -3’) para o NADH2; LysL(5’- CAGCACTAGCCTTTTAAGCT -3’), COIIIRH (5’- ATTATTCCGTATCGNAGNCCYTTTTG -3’), A5(5’- TAGGAGTGTGCTTGGTGTGCCATT- 3’) e ATP6L (5’- AAAYATYTAATGGCACACCAAGC- 3’)para os genes ATPase 6, ATPase 8 e COIII; L1537 (5’- AATCTTGTGCCAGCCACCGCGG -3’) e12Send (5’- GTGCACCTTCCGGTACACTTACC -3’) para o DNAr 12S; 16Sa (5’- AAGCCWANCGAGCYGGGTGATAGCTGG -3’), 16Sb (5’- CATAGATAGAAACCGACCTGG -3’), 16Sc (5’- TTCTTCAAGGTCGCCCCAACC -3’) e 16Se (5’- GCACGGTTAGGATACCGCGGCCG -3’) para o RNAr 16S (OliverHaddrath, comunicação pessoal). As seqüências de DNA foram depositadas no GenBank com osnúmeros de acesso: DQ143281-DQ143297 para citocromo b; DQ143298-DQ143324 para NADH2;DQ143250-DQ143280 para os genes ATPase 6, ATPase 8 e COIII; DQ143208-DQ143228 para 12SrDNA; e DQ143229-DQ143249 para o 16S rDNA. Foram obtidas do GenBank as seqüências decitocromo b para Diopsittaca nobilis (AF370769, Tavares e col., 2004), Pionopsitta barrabandi,Pionopsitta pileata e Triclaria malachitacea (AY669424, AY669437 e AY669439; Ribas e col., 2005) ede NADH2 para Amazona farinosa (AY194461; Eberhard e Bermingham, 2004), Pionopsittabarrabandi, Pionopsitta pileata e Triclaria malachitacea (AY669468, AY669481 e AY669486; Ribas ecol., 2005).2.2.3. Análise das seqüências de DNAAs ambigüidades nas fitas complementares de DNA foram verificadas com o Sequencher 4.1.2(GeneCodes Corp., Ann Arbor, Michigan). O alinhamento dos genes foi verificado visualmente noMacClade 4.0 (Maddison e Maddison, 2000). As lacunas de alinhamento, as regiões com alinhamentoambíguo e as regiões de sobreposição entre as ATPases 8 e 6, e a ATPase 6 e o COIII foramexcluídas da matriz de dados. A composição de bases, as taxas de transição e transversão e adistância genética entre seqüências de nucleotídeos foram calculadas no PAUP* 4.0b10 (Swofford,2002). O grau de saturação das seqüências foi avaliado para cada gene pela relação entre o númerode transições e o número de transversões pelas distâncias par a par corrigidas entre os táxons.Diferenças de composição de base entre táxons não são corrigidos pela maior parte dosmétodos de reconstrução filogenética e topologias inadequadas podem ser escolhidas quando asdiferenças de composição são expressivas (Penny e col., 1990; Lockhart e col., 1994; Foster e Hickey,1999; Chang e Champbell, 2000; Haddrath e Baker, 2001; Paton e col., 2002). Por isso, os sítios33