MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

CDaten- und ErgebnisdateienC.1 Astral DB-Datei im FASTA FormatDas textbasierte FASTA-Format in ein in der Bioinformatik gängiges Dateiformatzur Beschreibung der Primärstruktur von Proteinen. Eine Sequenzbeschreibung wirdmit einer Kopfzeile eingeleitet, die immer mit dem Zeichen ’>’ beginnt. Der Inhaltder Kopfzeile startet mit einem eindeutigen Namen oder einer ID. Die Aminosäuresequenzenselbst werden durch einen One-Letter-Code dargestellt. Kommentarzeilenwerden mit dem Zeichen ’;’ eingeleitet.Das nachfolgende Listing zeigt einen Auszug aus einer Astral-Datenbankdatei im FASTAFormat:>d1dlwa_ a.1.1.1 (A:) Protozoan/bacterial hemoglobin {Ciliate (Paramecium caudatum) [TaxId: 5885]}slfeqlggqaavqavtaqfyaniqadatvatffngidmpnqtnktaaflcaalggpnawtgrnlkevhanmgvsnaqfttvighlrsaltgagvaaalveqtvavaetvrgdvvtv>d1s69a_ a.1.1.1 (A:) Protozoan/bacterial hemoglobin {Cyanobacteria(Synechocystis sp.), pcc 6803 [TaxId: 1143]}stlyeklggttavdlavdkfyervlqddrikhffadvdmakqrahqkafltyafggtdkydgrymreahkelvenhglngehfdavaedllatlkemgvpedliaevaavagapahkrdvlnq>d1idra_ a.1.1.1 (A:) Protozoan/bacterial hemoglobin {Mycobacteriumtuberculosis, HbN [TaxId: 1773]}gllsrlrkrepisiydkiggheaievvvedfyvrvladdqlsaffsgtnmsrlkgkqveffaaalggpepytgapmkqvhqgrgitmhhfslvaghladaltaagvpsetiteilgviaplavdvts↩→↩→↩→120