MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

6. Implementierung eines MSA mit einem Profil-HMM 71Nachdem die Sequenzen der Eingangsmenge E := {SEQ 1 , SEQ 2 , · · · SEQ u } einzelnmit dem Profil-MSA MSA P := {SEQ 1 , SEQ 2 , · · · SEQ m } aligniert und mit grepseqgefiltert wurden, sind nur noch jene Sequenzen übriggeblieben, die den Erfolg versprechendstenScore aufweisen. Sie bilden eine stark verkleinerte Menge V aus den mit demProfil-MSA voralignierten Sequenzen.6.2.4 Progressives Alignment mit dem Profil-HMMDie Aufgabe des folgenden Prozessschritts ist die Vereinigung der voralignierten SequenzenV mit dem Profil-MSA MSA P zu einem neuen multiplen Sequenzalignmentmit den Sequenzen MSA V = MSA P ∪ V .Die implementierte Methode ist mit jener der im Kapitel 4.3 eingeführten iterativenund progressiven Vorgangsweise vergleichbar, unterscheidet sich jedoch darin, dass dieReihenfolge der Alignierung nicht über einen binären Baum bestimmt wird. Stattdessenwerden in jedem Iterationsschritt j = {1, 2, · · · |V |} die Sequenzen SEQ i in der vongrepseq festgelegten Reihenfolge schrittweise zum MSA aligniert. Grepseq ordnet dieSequenzen dazu in der Reihenfolge ihrer Scores s für das globale Alignment von SEQ imit MSA P , folglich werden die Sequenzen mit den höchsten Scores am Beginn, und jenemit niedrigsten Scores am Ende des Vereinigungsprozesse dem Profil-MSA hinzugefügt.Die Aufgabe der multiplen Alignierung übernimmt die im Rahmen dieser Arbeit entwickelteJava-Applikation amodseq. Amodseq liest die Profil-HMM-Parameterdatei mitdem Profil-MSA MSA P und die von grepseq erzeugte Datei mit den vorausgewähltenSequenzen V . Im ersten Schritt j = 1 wird jene Sequenz aus V mit dem höchsten Scoredem bestehenden Profil-MSA MSA P hinzugefügt und ein neues Vereinigungs-MSA(VMSA) MSA j gebildet. Im ersten Schritt entsteht das MSA 1 .x 1 = argmaxis iMSA 1 := MSA P ∪ {SEQ x1 }(6.1)