MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

7Bewertung der ErgebnisseDie bisherigen Ausführungen haben die Implementierung beschrieben, die objektivePrüfung der Ergebnisse ist bislang ausgeblieben. Dieser Abschnitt beschreibt ausgewählteMethoden zur Evaluation der Ergebnisse und prüft, inwieweit die Methodeder progressiven Expansion des Profil-HMM zur schrittweisen Alignierung genutztwerden kann.7.1 Testdaten und -settingsDie Bewertung der Ergebnisse der Verfahren und Applikationen erfolgt nach Testläufenunter folgenden Rahmenbedingungen:• Die Sequenzdatenbank astral_scop_40.1.73 enthält 9536 Sequenzen aus unterschiedlichstenFamilien und mit unterschiedlichen Sequenzlängen.• Das Profil-HMM wurde mit 20 MSAs ausgewählter Familien trainiert. DieParameterdateien enthalten neben den Profil-MSAs auch zusätzliche Angabendarüber, welche Spalten als Modellspalten ausgewählt werden; dafür ist auchExpertenwissen eingeflossen, um möglichst aussagekräftige und korrekte Profil-MSA zu erhalten.• Ein kompletter Testlauf bestand aus 4 bis 6 Zyklen.• Die Aufnahme einer neuen Sequenz wurde über den CDF-Threshold von 0.999begrenzt; nach oben hin fand keine Begrenzung statt.79