MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

3. Grundlagen des Sequenzalignments 38Tabelle 3.3: BLOSUM-62 Scoringmatrix für 20 Aminosäuren für das Alignment vonProteinsequenzen.Wie in den Abschnitten 3.2 zum Thema Ähnlichkeit und Distanz gezeigt wird, kannüber die Summe der Bewertung einzelner Symbolpaarungen oder der Lücken eine Bewertungder Ähnlichkeiten ganzer Sequenzen erfolgen. Diese Ähnlichkeitswerte symbolisierennicht nur die Distanz zweier Sequenzen, sondern können auch zur Konstruktioneines Alignments herangezogen werden. Bisher wurden diese Werte wie dimensionsloseGrößen betrachtet, ohne sie auf ein Bezugssystem zu beziehen. Wie diese Größen inBezug auf ein Normal verwendet werden können und wie sie zu interpretieren sind,erklärt der folgende Abschnitt.3.7 Scoring von AlignmentsScoring steht im Zusammenhang zum Sequenzalignment für ein Bewertungsverfahren,mit dem Ähnlichkeiten quantifiziert werden. Die Ähnlichkeit oder der als Distanzbezeichnete Abstand einer Sequenz zu einem Bezugssystem wird durch numerische