MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

7. Bewertung der Ergebnisse 88Abbildung 7.5: Standardisierte Dichtefunktionen des Simple und Reverse CorrectedScores für das Profil-MSA der Familie e.3.1.1 nach dem dritten Zyklus.Die Dichtefunktionen des SCS und RCS für die Familie e.3.1.1 nach dem drittenZyklus zeigt die Abbildung 7.5. Deutlich wahrnehmbar ist die Verschiebung der Dichtefunktionenfür beide Scores aufgrund der Modelländerung. Die Dichtefunktionen derSuperfamily Sequenzen verschieben sich deutlich in Richtung Family, wodurch einedeutlichere Trennung zu den Other-Sequenzen stattfindet, dem entgegen aber eine Unterscheidungzwischen Family und Superfamily nicht mehr möglich ist. Der Grund dafürdürfte sein, dass vier der hinzugefügten Sequenzen aus der gleichen Superfamily e.3.1stammen wie das ursprüngliche Profil-MSA und sich dadurch die Modellbeschreibungmehr an der Superfamily orientiert. Nach drei Zyklen hat sich das Modell gegenüberdem ursprünglichen Profil-HMM hinsichtlich der Erkennung von Superfamily Scoresdeutlich verbessert. Sequenzen der gleichen Superfamily werden klar höher bewertetals Sequenzen abseits davon. Der Preis dafür ist eine geringere Trennschärfe zwischenFamily und Superfamily.