MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

3.2.1 Hamming-Abstand und -Ähnlichkeit . . . . . . . . . . . . . . . 213.2.2 Levenshtein-Distanz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223.2.3 Komplexität vs. Optimum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243.3 Dynamisches Programmieren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253.4 Paarweises Sequenzalignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283.4.1 Globales Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293.4.2 Free-Shift Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303.4.3 Lokales Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303.5 Lücken und deren Bewertung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323.6 Substitutionsmatrizen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333.6.1 PAM-Matrizen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353.6.2 BLOSUM-Matrizen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363.7 Scoring von Alignments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383.7.1 Empirische Festlegung eines Bezugssystems für Scores . . . . . . 393.7.2 Verteilung der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 403.7.3 Standardisierung der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 424 Multiples Sequenzalignment 434.1 Anwendung multipler Sequenzalignments . . . . . . . . . . . . . . . . . 444.2 Komplexität multipler Sequenzalignments . . . . . . . . . . . . . . . . 454.3 Iterative Generierung eines multiplen Alignments . . . . . . . . . . . . 474.4 Multiples Sequenzalignment mit ClustalW . . . . . . . . . . . . . . . . 484.5 Bewertung eines multiplen Sequenzalignments . . . . . . . . . . . . . . 505 Hidden Markov Modelle 515.1 Markov-Ketten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525.2 Hidden Markov Modelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 545.3 Profil-HMMs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555.4 Verwendung von Profil-HMMs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 585.4.1 Training eines Profil-HMM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 585.4.2 Decodierung eines Profil-HMM . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605.4.3 Alignment mit einem Profil-HMM . . . . . . . . . . . . . . . . . 60v