MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

B Umgebung und Applikationen 115B.1 Entwicklungs- und Testumgebung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115B.2 grepseq: Optionsbeschreibung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116B.3 amodseq: Optionsbeschreibung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118B.4 amodseq.ini: ClustalW Defaulteinstellungen . . . . . . . . . . . . . . . 119C Daten- und Ergebnisdateien 120C.1 Astral DB-Datei im FASTA Format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120C.2 HMMOO Alignment Result Datei . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121C.3 Z-Score Auswertung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122C.3.1 Z-Score Auswertung Zyklus 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122C.3.2 Z-Score Auswertung Zyklus 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123D Quelltexte 124D.1 amodseq: Alignment voralignierter Sequenzen in das Profil-HMM . . . 124E Datenträger 126vii