MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

6 Implementierung eines MSA mit einem Profil-HMM 626.1 Kurzbeschreibung der Implementierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . 636.2 Generieren eines MSA mit einem Profil-HMM . . . . . . . . . . . . . . 636.2.1 Training des Profil-HMMs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 646.2.1.1 Berechnung der Emissionswahrscheinlichkeiten . . . . . 646.2.1.2 Berechnung der Übergangswahrscheinlichkeiten . . . . 656.2.2 Single-Scoring und -Alignment mit dem Profil-HMM . . . . . . 666.2.3 Auswahl der zu alignierenden Sequenzen . . . . . . . . . . . . . 686.2.4 Progressives Alignment mit dem Profil-HMM . . . . . . . . . . 716.2.5 Kombination mehrerer Alignmentmethoden . . . . . . . . . . . 736.2.6 Progressive Expansion eines Profil-HMM . . . . . . . . . . . . . 757 Bewertung der Ergebnisse 797.1 Testdaten und -settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 797.2 Dichtefunktion der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 827.3 Standardisierung der Dichtefunktion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 847.4 Drift der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 857.5 Graphische Bewertung der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 867.6 Numerische Bewertung der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 907.7 Streuung der Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 917.8 Entropie der Emissionsmatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 947.9 Zusammenfassung der Evaluationsergebnisse . . . . . . . . . . . . . . . 998 Zusammenfassung und Ausblick 1008.1 Zusammenfassung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008.2 Ausblick . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102Literaturverzeichnis 103Abkürzungsverzeichnis 108Anhang 110A Tabellen und Abbildungen 111A.1 PAM250 Matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112A.2 Score-Streudiagramme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113vi