MASTERARBEIT - Fachhochschule Salzburg

6. Implementierung eines MSA mit einem Profil-HMM 65python recalcParamFile.py -in input.param -out emiss.param-dirichlet uprior.9compcorr-alignmentweight 2↩→↩→Zur Beschreibung der Optionen von recalcParamFile und der eingesetzten Algorithmensei auf [6, 39], die Quelltexte und die Applikationhilfe verwiesen. Die Ausgabedatei entsprichtin ihrem Grundaufbau weitgehend der Parameterdatei, führt zusätzlich jedocheine Matrix mit den Emissionswahrscheinlichkeiten des gegebenen MSA ein. Diese Dateibeinhaltet die Eingangsdaten für den nächsten Berechnungsschritt.6.2.1.2 Berechnung der ÜbergangswahrscheinlichkeitenDie Berechnung der Übergangswahrscheinlichkeiten übernimmt die Java-ApplikationtransProbs 4 . Die Applikation nimmt die vom Script recalcParamFile generierte Ergebnisdateientgegen und erzeugt in Abhängigkeit der Parametrisierung eine HMM-Datei mit der Beschreibung des Profil-HMM. Nähere Details bzgl. der Berechnungsmethodenund die Beschreibung der Optionen von transProbs sind in [6] beschrieben.Der Start der Applikation mit der Einstellung der Pseudocounts zur Transitionsberechnung(2 2 2) oder der Gewichtung des Expertenwissens (0.1) erfordert folgendeAufrufsyntax:java -jar transProbs.jar -p emiss.param -q qas.param↩→-out current.hmm↩→-params 2 2 2 0.95 0.7 350 0.1Die von transProbs erzeugte HMM-Datei enthält die Beschreibung des Profil-HMMs.So finden sich darin die Emissions- und Transitionswahrscheinlichkeiten ebenso, wiedie Initial- und Terminalwahrscheinlichkeiten als auch die komplette Beschreibung desProfil-HMM mit den Signaturen der Modellspalten. Diese Datei dient der Konfigurationdes Modells zur Berechnung erster Alignierungen und Scores.4 Die Applikation transProbs ist Teil des Programmpakets HMModeler und stand für diese Aufgabenstellungschon zur Verfügung.