Self-Assembly of Synthetic and Biological Polymeric Systems of ...

5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
studies, tables containing kinetic constants derived from SLS experiments
and secondary structure compositions under the different solution
conditions, FTIR spectra and discussion, and temporal evolution of ThT
biding with subsequent discussion. See DOI: 10.1039/b000000x/
References
1. T. P. Knowles, A. W. Fitzpatrick, S. Meehan, H. R. Mott, M.
Vendruscolo, C. M. Dobson, M. E. Welland, Science 2007,
318, 1900-1903.
2. S. G. Zhang, Nature Biotechnol. 2003, 21, 1171-1178.
3. A. T. Alexandrescu, Protein Sci. 2005, 14, 1-12.
4. K. Lundmark, G. T. Westermark, A. Olsen, P. Westermark,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 6098-6102.
5. M. B. Pepys, Ann. Rev. Med. 2006, 57, 223-241.
6. M. Calamai, F. Chiti, C. M. Dobson, Biophys. J. 2005, 89,
4201-4210.
7. B. A. Vernaglia, J. Huang, E. D. Clark, Biomacromolecules
2004, 5, 1362-1370.
8. S. Goda, K. Takano, K. Yutani, Y. Yamagata, R. Nagata, H.
Akutsu, S. Maki, K. Namba, Protein Sci. 2000, 9, 369-375.
9. F. G. de Felice, M. N. N. Vieira, M. N. L. Meirelles, L. A.
Morozova-Roche, C. M. Dobson, S. T. Ferreira, FASEB J.
2004, 18, 1099-1101.
10. A. E. Cao, D. Y. Hu, L. H. Lai, Protein Sci. 2004, 13, 319-324.
11. M. R. H. Krebs, D. K. Wilkins, E. W. Chung, M. C.
Pitkeathly, A. K. Chamberlain, J. Zurdo, C. V. Robinson, C.
M. Dobson, J. Mol. Biol. 2000, 300, 541-549.
12. F. Bemporad, G. Calloni, S. Campioni, G. Plakoutsi, N.
Taddei, F. Chiti, Acc. Chem. Res. 2006, 39, 620-627.
13. G. Soldi, F. Bemporad, S. Torrassa, A. Relini, M. Ramazzotti,
N. Taddei, F. Chiti, Biophys. J. 2005, 89, 4234-4244.
14. S. N. Timasheff, Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22,
67-97.
15. W. Dzwolak, Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 470-480.
16. N. Rezaei-Ghaleh, M. Zweckstetter, D. Morshedi, A. Ebrahim-
Habibi, M. Nemat-Gorgani, Biopolymers 2009, 91, 28-36.
17. J. H. Lee, G. Bhak, S. G. Lee, S. R. Paik, Biophys. J. 2008, 95,
L16-L18.
18. M. Holley, C. Eginton, D. Schaefer, L. R. Brown, Biochem.
Biophys. Res. Comm. 2008, 373, 164-168.
19. V. Castelletto, I. W. Hamley, P. J. F. Harris, U. Olsson, N. J.
Spencer, Phys. Chem. B 2009, 113, 9978-9987.
20. I. W. Hamley, D. R. Nutt, G. D. Brown, J. F. Miravet, B.
Escuder, F. Rodríguez-Llansola, J. Phys. Chem. B 2009, 114,
940-951.
21. A. K. Paravastu, A. T. Petkova, R. Tycko, Biophys. J. 2006,
90, 4618-4629.
22. W. Hoyer, T. Antony, D. Cherny, G. Heim, T. M. Jovin, V.
Subramaniam, J. Mol. Biol. 2002, 322, 383-393.
23. D. P. Smith, S. Jones, L. C. Serpell, M. Sunde, S. E. Radford,
J. Mol. Biol. 2003, 330, 943-954.
24. J. S. Patton, R. M. Platz, Adv. Drug Delivery Rev.1992, 8, 179-
196.
25. W. S. Choi, G. G. K. Murthy, D. A. Edwards, R. Langer, A.
M. Klibanov, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 11103-
11107.
26. S. Cinelli, G. Onori, A. Santucci, Colloids Surfaces A 1999,
160, 3-8.
27. V. E. Bychkova, O. B. Ptitsyn, Biochem. Mol. Biol. 1993, 4,
133-163
28. O. B. Ptitsyn, V. E. Bychkova, V. N. Uversky, Philos. Trans.
Royal Soc. London B-Biol. Sci. 1995, 348, 35-41.
29. V. E. Bychkova, A. E. Dujsekina, S. I. Klenin, E. E. Tiktopulo,
V. N. Uversky, O. B. Ptitsyn, Biochemistry 1996, 35, 19,
6058-6063.
30. V. N. Uversky, N. V. Narizhneva, S. O. Kirschstein, S. Winter,
G. Löber, Folding Design 1997, 2, 163-172.
31. Y. O. Kamatari, T. Konno, M. Kataoka, K. Akasaka, J. Mol.
70 Biol. 1996, 259, 512-523.
32. N. V. Narizhneva, V. N. Uversky, Protein Pept. Lett. 1997, 4,
243-249.
33. Y. X. Qu, C. L. Bolen, D. W. Bolen, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 1998, 95, 9268-9273.
34. S. N. Timasheff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 9721-
12 | Journal Name, [year], [vol], 00–00 This journal is © The Royal Society of Chemistry [year]
75
80
85
90
95
100
105
110
115
120
125
130
135
9726.
35. D. Liu, T. Wyttenbach, C. J. Carpenter, M. T. Bowers, J. Am.
Chem. Soc. 2004, 126, 3261-3270.
36. P. Taboada, S. Barbosa, E. Castro, M. Gutiérrez-Pichel, V.
Mosquera, Chem. Phys. 2007, 340, 59-68.
37. P. Taboada, S. Barbosa, E. Castro, V. Mosquera, J. Phys.
Chem. B 2006, 110, 20733-20736.
38. Y. Aso, K. Shiraki, M. Takagi, Biosci. Biotech. Biochem.
2007, 71, 1313-1321.
39. W. Dzwolak, S. Grudzielanek, V. Smirnovas, R. Ravindra, C.
Nicolini, R. Jansen, A. Loksztejn, S. Porowski, R. Winter,
Biochemistry 2005, 44, 8948-8958.
40. J. Juárez, P. Taboada, V. Mosquera, Biophys. J. 2009, 96,
2353-2370.
41. J. Juárez, S. Goy-López, A. Cambón, P. Taboada, V.
Mosquera, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10521-10529.
42. J. Juárez, P. Taboada, S. Goy-López, A. Cambón, M.-B.
Madec, S. G. Yeates, V. Mosquera, J. Phys. Chem. B 2009,
113, 12391-12399.
43. C. N. Pace, F. Vajdos, L. Fee, G. Grimsley, T. Gray, Protein
Sci. 1995, 4, 2411-2423.
44. S. W. Provencher, Comp. Phys. Comm. 1982, 27, 213-227.
45. A. Lobley, L. Whitmore, B. A. Wallace, Bioinformatics 2002,
18, 211-212.
46. L. Whitmore, B. A. Wallace, Nucleic Acids Res. 2004, 32,
W668-W673.
47. M. J. Geisow, G. H. Beaven, Biochem. J. 1977, 163, 477-484.
48. B. Farruggia, F. Rodriguez, R. Rigatuso, G. Fidelio, G. Pico, J.
Protein Chem. 2001, 20, 81-89.
49. K. Flora, J. D. Brennan, G. A. Baker, M. A. Doody, F. V.
Bright, Biophys. J. 1998, 75, 1084-1096.
50. N. K. Holm, S. K. Jespersen, L. V. Thomassen, T. Y. Wolff, P.
Sehgal, L. A. Thomsen, G. Christiansen, C. B. Andersen, A.
D. Knudsen, D. E. Otzen, Biochim. Biophys. Acta 2007, 1774,
1128-1138.
51. F. Ferrone, W. Ronald, Analysis of protein aggregation
kinetics. In Methods in Enzymology, Academic Press: 1999,
309, 256-274.
52. M. Alatorre-Meda, P. Taboada, J. Sabin, B. Krajewska, L. M.
Varela, J. R. Rodriguez, Colloids Surfaces A 2009, 339, 145-
152.
53. P. Shahi, R. Sharma, S. Sanger, I. Kumar, R. S. Jolly,
Biochemistry 2007, 46, 7365-7373.
54. J. T. Jarrett, P. T. Lansbury, Biochemistry 1992, 31, 12345-
12352.
55. A. Lomakin, D. B. Teplow, D. A. Kirschner, G. B. Benedek,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 7942-7947.
56. R. Bader, R. Bamford, J. Zurdo, B. F. Luisi, C. M. Dobson, J.
Mol. Biol. 2006, 356, 189-208.
57. Q. Xu, T. A. Keiderling, Biochemistry 2005, 44, 7976-7987.
58. A. J. Rader, B. M. Hespenheide, L. A. Kuhn, M. F. Thorpe,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 3540-3545.
59. L. Nielsen, R. Khurana, A. Coats, S. Frokjaer, J. Brange, S.
Vyas, V. N. Uversky, A. L. Fink, Biochemistry 2001, 40,
6036-6046.
60. S. Goda, K. Takano, Y. Yamagata, R. Nagata, H. Akutsu, S.
Maki, K. Namba, K. Yutani, Protein Sci. 2000, 9, 369-375.
61. Y. Yonezawa, S. Tanaka, T. Kubota, K. Wakabayashi, K.
Yutani, S. Fujiwara, J. Mol. Biol. 2002, 323, 237-251.
62. N. A. P. Ulrih, G. Anderluh, P. Macek, T. V. Chalikian,
Biochemistry 2004, 43, 9536-9545.
63. M. Dockal, D. C. Carter, F. Ruker, J. Biol. Chem. 2000, 275,
3042-3050.
64. Y. Kumar, S. Tayyab, S. Muzammil, Archiv. Biochem.
140 Biophys. 2004, 426, 3-10.
196