Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
12<br />
Nükleik Asit Melezleme <strong>Yöntemleri</strong><br />
• • • •<br />
Ayşegül TOPAL SARIKAYA<br />
Nükleik asit melezlemesi (hibridizasyonu) moleküler genetikte kullanılan en temel yöntemlerden biridir. Bu yöntem,<br />
karışık hedef dizilerin oluşturduğu heterojen bir karışımdan işaretli bir prob (sonda) (bkz. Bölüm 11) yardımıyla hedef<br />
dizinin seçilmesini sağlar. Prob <strong>ve</strong> hedef dizi başlangıçta çift iplikli olduklarında sıcaklık <strong>ve</strong>ya baz uygulamasıyla<br />
tek iplikli duruma getirilir. Proba <strong>ve</strong> hedef dizilere ait tek ipliklerin karıştırılması sonucunda birbirini tamamlayan<br />
diziler yeniden birleşerek çift iplikli melez moleküller oluştururlar. Probun hedef nükleik asit ipliğiyle tamamlayıcı<br />
olarak eşleşmesi (“annealing”) sonucunda nükleik asit melezleme testi için önemli olan işaretlenmiş prob/hedef<br />
heterodupleksi oluşur. Melezlemede rol oynayan en temel molekül olan probun geliştirilmesi Bölüm 11’de açıklanan<br />
enzimler kullanılarak gerçekleştirilir. Nükleik asitlerin tipi, kökeni, başlangıç materyalinin özellikleri <strong>ve</strong> etiketleme<br />
yöntemlerine göre çeşitli melezleme probları elde edilebilir (Şekil 12.1).<br />
Melezleme<br />
probları<br />
Tip<br />
DNA<br />
RNA<br />
Oligonükleotid<br />
Köken<br />
Hücre temelli DNA<br />
klonlaması <strong>ve</strong>ya PCR<br />
Uygun <strong>ve</strong>ktörde,<br />
klonlanmış DNA’nın<br />
transkripsiyonu<br />
Kimyasal sentez<br />
Başlangıç<br />
materyalinin<br />
özelliği<br />
Çift iplikli, geleneksel<br />
DNA klonları için 0.1–>100 kb,<br />
PCR ürünleri için 0.1–>20 kb<br />
Tek iplikli,<br />
genellikle birkaç<br />
bin nükleotid<br />
boyunda<br />
Tek iplikli,<br />
genellikle 15-50 baz<br />
uzunlukta<br />
İşaretleme<br />
Genellikle DNA polimeraz<br />
temelli DNA ipliği sentezi<br />
Klonlanmış DNA’nın<br />
transkripsiyonu<br />
Uç işaretleme<br />
(örneğin, polinükleotid<br />
kinazla)<br />
Şekil 12.1. Nükleik asit melezleme probları (Strachan <strong>ve</strong> Read’den).<br />
145
Change language