В.А. Чернухин, М.А. Абдурашитов и др., с. 19–27физико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова.– 2007. – Т. 3. – № 1. – С. 28–33.18. Чернухин В.А., Чмуж Е.В., Томилова Ю.Э., НаякшинаТ.Н., Гончар Д.А., Дедков В.С., Дегтярев С.Х. Новаясайт-специфичесчкая эндонклеаза GluI узнает метилированнуюпоследовательность ДНК 5’-G(5mC)NG(5mC)-3’/3’-(5mC)GN(5mC)G-5’ // Вестник биотехнологии ифизико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова.– 2007. – Т. 3. – № 2. – С. 13–17.19.Tarasova G.V., Nayakshina T.N., Degtyarev S.Kh. Substratespecificity on new methyl-directed DNA endonuclease GlaI// BMC Molecular Biology. – 2008. – Vol. 9. – P. 7.Список сокращенийЭР – эндонуклеаза рестрикции, рестриктаза;ПААГ – полиакриламидный гель;п.н. – пары нуклеотидов,т.п.н. – тысяча пар нуклеотидов.Comparative analysis of mouse chromosomal DNA digestionwith restriction endonucleases in vitro and in silicoV.A. Chernukhin, M.A. Abdurashitov, V.N. Tomilov,D.A. Gonchar, S.Kh. DegtyarevSibEnzyme SPA, NovosibirskTheoretical diagrams of mouse chromosomal DNA cleavage at 18 nucleotide sequences 4-6 bp in length, which are therecognition sites of restriction endonucleases, have been plotted based on earlier suggested method of mammalian genomes restrictionanalysis in silico. Analysis of mouse LINE 1 repeats, presented in database, and products of these repeats cleavage at the same nucleotidesequences has been carried out. In general, the diagrams of mouse chromosomal DNA digestion correspond to diagrams of LINE1-repeats cleavage. Mouse chromosomal DNA hydrolysis with restriction endonucleases, which possess the corresponding recognitionsites, has been performed. A comparison of DNA hydrolysis patterns and the plotted diagrams has revealed a good correspondencebetween the experimental and theoretical data. Only LINE1 repeats and satellite DNA cleavage products are visualized in experimentson chromosomal DNA cleavage with subsequent gel-electrophoresis. Mouse chromosomal DNA cleavage with new methyl-dependentsite-specific DNA endonucleases BlsI, GlaI and GluI has been performed.Keywords: DNA repeats, restriction analysis, methyl-dependent endonucleases, eukaryotic genome, Mus musculus.27
Краткие сообщенияУДК 573.6.086.835:579.8Использование реконструированных биопленокдля ускорения деградации углеводородов нефтиЕ.А. Стрелкова, М.В. Журина, В.К. Плакунов Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского РАН, МоскваВ природных экотопах основная часть микроорганизмовсуществует в виде ассоциаций, определяемыхобщим термином «биопленки», – пространственно иметаболически структурированных сообществ, заключенныхво внеклеточный полимерный матрикс и расположенныхна границе раздела фаз [1]. Между микробнымикомпонентами биопленок существуют многообразныеметаболические взаимоотношения, из которых наиболеечасто встречаются комменсализм и протокооперация.Если в первом случае воздействие имеет одностороннийхарактер, например, потребление кислородааэробными микроорганизмами обеспечивает возможностьсосуществования анаэробных форм [2], то во второмслучае происходит взаимное положительное влияниекомпонентов биопленок друг на друга [3].В таких случаях могут устанавливаться взаимоотношения,близкие к симбиозу, при которых образованиеили потребление какого-либо субстрата в биопленкепроисходит с большей интенсивностью, чем в случаесвободных (планктонных) популяций. Это, например,происходит в биопленках, состоящих из целлюлолитикови их спутников, неспособных к гидролизу целлюлозы.Последние потребляют продукты гидролиза, репрессирующиебиосинтез целлюлаз, и, таким образом, повышаютобразование этих ферментов [4].Существование близкой ситуации можно предполагатьв заводняемых нефтяных месторождениях.Из пластовых вод таких месторождений наряду с нефтеокисляющимимикроорганизмами можно выделитьмножество хемогетеротрофных аэробных и анаэробныхмикроорганизмов-спутников, которые не способныутилизировать компоненты нефти, но растут за счет Автор для переписки:© 2007 г. Плакунов В.К.Институт микробиологии им С.Н. Виноградского РАН,МоскваE-mail: plakunov@inmi.host.ru28продуктов ее деградации. Однако их взаимоотношенияс микроорганизмами-нефтеокислителями практическине изучены.Мы осуществили реконструкцию ассоциацийнефтеокисляющих микроорганизмов и их спутников изпластовых вод ряда нефтяных месторождений. Посколькумикробные компоненты биопленок способныдиссоциировать в пластовые воды, между структурированнымии планктонными популяциями устанавливаетсядинамическое равновесие.Поэтому создание условий, благоприятствующихформированию биопленок (высокая плотность популяции,наличие поверхности раздела фаз), позволяетреконструировать из пластовых вод ассоциации, близкиеили эквивалентные существующим в нефтяных пластах[5, 6].Для реконструкции мы использовали поликарбонатныефильтры, помещенные на поверхность твердойсреды М9, содержащей смесь парафинов (от С-11 доС-16). Изолированные из таких биопленок чистыекультуры бактерий использовали для формирования бинарныхбиопленок, включающих в себя микроорганизмнефтеокислительи его спутник. Как было установлено, втаких реконструированных биопленках микроорганизмыспутникичасто оказывают положительное влияние нанефтеокисляющие микроорганизмы, что соответствуетпредставлениям об их протокооперативных взаимоотношенияхи физиологически вполне оправдано [7, 8].В реконструированных биопленках бактерииспутникиспособствуют более полной утилизацииуглеводородов микроорганизмами-нефтеокислителями.Биопленки либо предварительно формировалина фильтрах и помещали в жидкую среду, либо ихформирование осуществляли непосредственно в жидкойсреде в присутствии гидрофобного силикагеля(Octadecyl=Si300Polyol, Serva). Результаты этихэкспериментов показаны на примере среды М(9) сгексадеканом (табл. 1).