Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
Résultat et évaluation des corrections du prétraitement
Pour évaluer l’effet des corrections induites par le prétraitement, on utilise comme image originale
l’image « fibro_ h2ax_100x_HR_21 » ainsi que l’image Dapi correspondante.
L’évaluation des corrections du prétraitement peut être rapidement effectuée par comparaison de
l'aspect général de l’image corrigée par rapport à l’image originale. Les figures (17) et (18) montrent ces
comparaisons pour le couple d’images #21 dans les deux modes d’acquisition: DAPI et H2AX.
Cette évaluation est très subjective. Cependant, on remarque quelques modifications dans les images
corrigées :
Le contraste est beaucoup plus important, aussi bien dans les images DAPI et H2AX,
de par leur intensité, un plus grand nombre de foci apparaissent plus facilement dans l’image
H2AX,
les pixels chauds ont disparus dans les images corrigées, mais les traces parasites ont rehaussées
notamment dans l’image DAPI. Ces amas peuvent être un problème dans l’analyse ultérieure des
images
Cette augmentation importante du contraste a en fait pour origine une correction apportée par ImageJ
durant les calculs de conversion (contrast stretching). Le rehaussement du contraste se produit au
moment de la conversion des images 32-bit en 8-bit de chaque composante RGB par redéfinition de la
dynamique.
Si on a une composante de couleur d’une image 32-bit dont la dynamique est restreinte à l’intervalle
[0,210]. Comme le montre la figure (15), l’expansion de la dynamique par défaut lors de la conversion
32-bit en 8-bit, va repartir la dynamique de l’image brute sur les 256 niveaux de gris
disponibles (correspondant à une image 8-bit)
Figure (15) : Résultat de l’expansion de la dynamique par défaut lors
de la fusion des composantes de couleur : l’histogramme de la
composante est répartie sur toute la palette des niveaux de gris ; à
gauche l’histogramme original, à droite l’histogramme redistribué
L’expansion de la dynamique est introduite par défaut lors de la fusion RGB pour former les images
finales. Par contre les valeurs d’intensité restent inchangées lors de la conversion inverse; c’est le cas de
la conversion de 8-bit en 32-bits.
Lorsque le prétraitement de calibration est réalisé avec ImageJ, les résultats obtenus dépendent
fortement des mécanismes de conversion d’images réalisés au cours du traitement et notamment lors de
la fusion des composantes (en 32 bits) à l’image RGB (en 8 bits). Lors de cette étape, on a deux
possibilités :
Soit on fusionne les 3 images correspondantes à chaque composante en une image RGB en
autorisant l’expansion de la dynamique, c'est-à-dire l’adaptation de la dynamique à la gamme.
Cette méthode est l’option par défaut dans ImageJ,
Soit on fusionne les 3 images correspondantes à chaque composante en une image RGB en
conservant la dynamique d’origine.
L’expansion de la dynamique (« rescaling ») appliquée par défaut par ImageJ est une transformation
linéaire simple:
profondeur de codage
2 1
M V math.round V min max min
Page 15