Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
// Ouverture Image DAPI
open(DAPI_path+fileDAPI);
file = getTitle();
print("Ouverture du fichier DAPI: "+file);
run("Duplicate...", "title=DAPI");
// Convertion en 8 bits ==> passage en mode gris =0.299red+0.587green+0.114blue
selectWindow("DAPI");
run("8-bit");
// Reglage du seuil de definition des masques des noyaux
// Reglage automatique des niveaux haut et bas par une methode de la classe "ImageProcessor" d'ImageJ
// La definition des seuils est basé sur l'analyse de l'histogramme de l'image sélectionnée (image DAPI)
setAutoThreshold();
// Le seuillage pour obtenir les masques est appliqué par la commande "Convert to Mask" sur l'image DAPI sélectionnée
run("Convert to Mask");
// Definition des mesures effectuées sur les masques definissant les noyaux dans l'image DAPI selectionnée
// Ces mesures sont:
// - l'aire sélectionnée en pixels carré,
// - intensité moyenne, du gris dans l'aire sélectionnée
// - position du centre de la selection,
// - la circularité et le perimetre
// L'image sélectionnée par l'argument redirect="+fileDAPI+" est utilisée comme cible de l'analyse
// l'ensemble des données sont stockées dans un fichier excel
run("Set Measurements...", "area mean centroid redirect="+fileDAPI+" decimal=3
circularity perimeter fit");
Manager
// Selection des masques ==> La commande "Analyse Particle" compte et mesure les objets dans l'image seuillée et ajoute les ROI au ROI
// On ne retient que les masques qui remplissent un certain nombre de criteres:
// - size ==> les objets hors de la gamme spécifiée sont ignorés; c'est à dire non compris entre MIN_DAPI_THRESH et "infinity"
// - circularity ==> les objets hors de la gamme spécifiée sont ignorés; c'est à dire non compris entre COUNT_DAPI_THRESH et 1
// 0 correspond à un polygone infiniment allongé et 1 a une cercle parfait
// l'option "Show" spécifie quelle image ImageJ doit afficher aprés l'analyse :
// Masks ==> image binaire 8-bits contenant les zones remplies des objets mesurés
// exclude ==> les objets mesurés touchant le bord sont annulés
// include ==> les trous internes des objets mesurés sont inclus
// add ==> les objets sélectionnés sont ajoutés au ROI Manager
run("Analyze Particles...", "size="+MIN_DAPI_THRESH+"-Infinity pixel circularity="+
COUNT_DAPI_THRESH+"-1.00 show=Masks exclude include add");
// Sauvegarde de l'image des objets sélectionnés (masques)
run("Duplicate...", "title=Mask_kernels.tif");
// Extraction du nombre de masques sélectionnés dans le ROI Manager
roi_size = roiManager("count");
// Initialisation des piles des noms des masques retenus (full path filename)
Cell_selection_names = newArray(roi_size);
// Initialisation des piles des flags des masques retenus
sel_names = newArray(roi_size);
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