Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
Annexe D
Listing du plugin de prétraitement
« PLU_RGB_Avg_v3_java »
Ce Plugin ImageJ a été écrit pour améliorer la qualité des images de microscopie par épifluorecence
a partir d'images de calibration, acquises en même temps que la prise des images des cellules. Ces
images correspondent à des acquisitions spécifiques, appelées : « offset », « dark », « flat-field »:
« offset » : On fait une pose la plus brève possible, dans l'obscurité totale (obturateur fermé).
« dark » : On va acquérir une image avec un temps de pose du même ordre de grandeur que l'image,
en bloquant toute entrée de lumière qui pourrait arriver sur le CCD (obturateur fermé) et en
prenant le même temps d'exposition que celle de l'image. L’image «dark» comprend uniquement le
signal de bruit de fond électronique de l'appareil. Donc lorsque le temps de pose augmente, les
charges thermiques deviennent très importantes.
« flat-field » ou « PLU » : Une dernière catégorie de bruits provient de la variation de sensibilité
des pixels du CCD et des défauts du système optique. Par exemple les poussières sur les surfaces
optiques peuvent produire des ombres. De même les variations de luminosité conduisent à un
vignettage (non-uniformité de l’intensité de la lumière à l’intérieur du champ du microscope).
L’image « flat-field » est utilisée pour isoler et corriger des imperfections de la chaîne optique. On
fait une pose longue sur une image de fluorescence supposée uniforme en luminosité, avec la
même mise au point que les images. Cette image de référence doit être obtenue à partir d’une
lame contenant un film de colorant fluorescent, réputé uniforme, à défaut un objet uniformément
fluorescent. La même configuration de filtre pour l’acquisition des images doit être utilisée
.
Utilisation de ce plugin:
Ouvrir une ou plusieurs images « flat-field » de format TIFF codées en RGB couleur.
Donner un nom pour créer le fichier log récapitulatif.
Projection des « flat-field » pour obtenir une image moyenne et création des masques dans
les trois composantes de couleur.
Choisir une image à corriger (condition d'acquisition conforme).
Les composantes RGB sont corrigées indépendamment par les trois masques RGB
La stack des composantes RGB de l'image est fusionnée en une image RGB finale.
Contrôle de l'aspect de l'image corrigée.
Pour des images en résolution 4080x3072, augmenter la mémoire (Edit/Options/Memory=1500)
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