Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
//cleanup
selectImage("Mask_kernels.tif"); close();
selectWindow(fileDAPI); close();
selectWindow("DAPI"); close();
// A ce stade, le ROI Manager ne contient plus rien!
// Les masques correspondants à chaque noyau retenus "Cell_x"
// sont sauvegardés individuellement dans des fichiers
// Passage au traitement des Images H2AX
if (ROI_Manager_Cell_size>0) { // Seulement s'il y a au moins un masque retenu
// Ouverture du fichier H2AX
print("Ouverture du fichier H2AX:"+H2AX_path+fileListH2AX[i]);
open(H2AX_path+fileListH2AX[i]);
// Selection fenetre
selectWindow(fileH2AX);
// Convertion en 8 bits ==> passage en mode gris =0.299red+0.587green+0.114blue
run("8-bit");
// On duplique l'image H2AX sur laquelle on va appliquer un seuillage automatique
// Cette nouvelle image va devenir l'image de masque des foci (on anticipe donc
// en la nommant "Mask_foci_)
run("Duplicate...", "title=Mask_foci_"+fileH2AX);
// Fixation var. Mask_foci sur Summary table
//Mask_foci = "Mask_foci.tif"; // fileListH2AX[i]
// Reglage du seuil de definition des masques des foci
// Reglage automatique des niveaux haut et bas par une methode de la classe "ImageProcessor" d'ImageJ
// La definition des seuils est basé sur l'analyse de l'histogramme de l'image sélectionnée (image H2AX)
setAutoThreshold();
// Le seuillage pour obtenir les masques est appliqué par la
// commande "Convert to Mask" sur l'image H2AX sélectionnée
run("Convert to Mask");
// Definition des mesures effectuées sur les masques definissant les noyaux dans l'image DAPI selectionnée
// Ces mesures sont:
// - l'aire sélectionnée en pixels carré,
// - intensité moyenne, du gris dans l'aire sélectionnée
// - position du centre de la selection,
// - la circularité et le perimetre
// L'image sélectionnée par l'argument redirect="+fileH2AX+" est utilisée comme cible de l'analyse
// l'ensemble des données sont stockées dans un fichier excel
run("Set Measurements...", "area mean centroid redirect="+fileH2AX+" decimal=3
circularity perimeter fit");
// On vide le tableau des mesures par "Analyse" des masques
run("Clear Results");
// Boucle sur les masques des noyaux retenus lors du traitement de l'image DAPI
roiManager("reset");
for(j=0; j