Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

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C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08 } exit(); "Nombre de fichiers DAPI et H2AX differents!"); // Definition des parametres par default pour la recherche des noyaux et des foci MIN_DAPI_THRESH = 10000; // taille minimum noyau ==> en pixel COUNT_DAPI_THRESH = 0.00; // circularite minimum de la forme des noyaux MIN_FOCI_THRESH = 10; // taille minimum foci ==> en pixel COUNT_FOCI_THRESH = 0.00; // circularite minimum de la forme des foci msg = ""+fileListDAPI.length+" couple(s) d'images Dapi/H2ax a analyser..."; // Ouverture d'une boite de dialogue ImageJ permettant d'afficher les parametres de selection // des zones de noyau en DAPI et des focis en H2AX Dialog.create("Analyse de cellules fibroblaste V."+version); Dialog.addMessage("Choix des parametres 'Analyze particles'"); Dialog.addNumber("Taille minimum du noyau (en pixel):", MIN_DAPI_THRESH); Dialog.addNumber("Circularite minimum du noyau:", COUNT_DAPI_THRESH); Dialog.addNumber("Taille minimum d'un foci (en pixel):", MIN_FOCI_THRESH); Dialog.addNumber("Circularite minimum d'un foci:", COUNT_FOCI_THRESH); Dialog.addMessage(msg); Dialog.addHelp("http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=macro:roi_color_coder"); Dialog.show(); in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010 // Saisie des différents paramètres de selection MIN_DAPI_THRESH = Dialog.getNumber(); COUNT_DAPI_THRESH = Dialog.getNumber(); MIN_FOCI_THRESH = Dialog.getNumber(); COUNT_FOCI_THRESH = Dialog.getNumber(); // Initialisation des parametres pour l'histogramme des frequences de foci par noyau maxFociByNuclei=500; cumFreq = newArray(maxFociByNuclei); nbTotalNuclei=0; // Stocke le nombre total de noyaux retenu print(""); print("Taille minimum noyau : "+MIN_DAPI_THRESH+"-infini"); print("Circularite minimum : "+COUNT_DAPI_THRESH+"-1.00"); print("Taille minimum foci : "+MIN_FOCI_THRESH+"-infini"); print("Circularite minimum : "+COUNT_FOCI_THRESH+"-1.00"); // Nombre de couple d'images DAPI et H2AX associées num_of_associations = fileListDAPI.length; // Boucle principale sur les couples d'images for (i=0; i
C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08 in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010 // Ouverture Image DAPI open(DAPI_path+fileDAPI); file = getTitle(); print("Ouverture du fichier DAPI: "+file); run("Duplicate...", "title=DAPI"); // Convertion en 8 bits ==> passage en mode gris =0.299red+0.587green+0.114blue selectWindow("DAPI"); run("8-bit"); // Reglage du seuil de definition des masques des noyaux // Reglage automatique des niveaux haut et bas par une methode de la classe "ImageProcessor" d'ImageJ // La definition des seuils est basé sur l'analyse de l'histogramme de l'image sélectionnée (image DAPI) setAutoThreshold(); // Le seuillage pour obtenir les masques est appliqué par la commande "Convert to Mask" sur l'image DAPI sélectionnée run("Convert to Mask"); // Definition des mesures effectuées sur les masques definissant les noyaux dans l'image DAPI selectionnée // Ces mesures sont: // - l'aire sélectionnée en pixels carré, // - intensité moyenne, du gris dans l'aire sélectionnée // - position du centre de la selection, // - la circularité et le perimetre // L'image sélectionnée par l'argument redirect="+fileDAPI+" est utilisée comme cible de l'analyse // l'ensemble des données sont stockées dans un fichier excel run("Set Measurements...", "area mean centroid redirect="+fileDAPI+" decimal=3 circularity perimeter fit"); Manager // Selection des masques ==> La commande "Analyse Particle" compte et mesure les objets dans l'image seuillée et ajoute les ROI au ROI // On ne retient que les masques qui remplissent un certain nombre de criteres: // - size ==> les objets hors de la gamme spécifiée sont ignorés; c'est à dire non compris entre MIN_DAPI_THRESH et "infinity" // - circularity ==> les objets hors de la gamme spécifiée sont ignorés; c'est à dire non compris entre COUNT_DAPI_THRESH et 1 // 0 correspond à un polygone infiniment allongé et 1 a une cercle parfait // l'option "Show" spécifie quelle image ImageJ doit afficher aprés l'analyse : // Masks ==> image binaire 8-bits contenant les zones remplies des objets mesurés // exclude ==> les objets mesurés touchant le bord sont annulés // include ==> les trous internes des objets mesurés sont inclus // add ==> les objets sélectionnés sont ajoutés au ROI Manager run("Analyze Particles...", "size="+MIN_DAPI_THRESH+"-Infinity pixel circularity="+ COUNT_DAPI_THRESH+"-1.00 show=Masks exclude include add"); // Sauvegarde de l'image des objets sélectionnés (masques) run("Duplicate...", "title=Mask_kernels.tif"); // Extraction du nombre de masques sélectionnés dans le ROI Manager roi_size = roiManager("count"); // Initialisation des piles des noms des masques retenus (full path filename) Cell_selection_names = newArray(roi_size); // Initialisation des piles des flags des masques retenus sel_names = newArray(roi_size); -3
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