Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\PLU_RGB_Avg_v3_.java jeudi 22 juillet 2010 16:22
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
}
//scienceBlueChannel.show();
fileName = outputDir+"splitter "+scienceBlueChannel.getTitle()+".tif";
new FileSaver(scienceBlueChannel).saveAsTiff(fileName);
// For each channel, multiply science image by PLU/mean
// Creates 3 "Corrected_" RGB images
ImagePlus correctedRedChannel = doCorrection(scienceRedChannel, rgbPLUmask[0]);
ImagePlus correctedGreenChannel = doCorrection(scienceGreenChannel, rgbPLUmask[1]);
ImagePlus correctedBlueChannel = doCorrection(scienceBlueChannel, rgbPLUmask[2]);
if (debug==1) {
String fileName = null;
}
/*
//correctedRedChannel.show();
fileName = outputDir+correctedRedChannel.getTitle()+".tif";
new FileSaver(correctedRedChannel).saveAsTiff(fileName);
//correctedGreenChannel.show();
fileName = outputDir+correctedGreenChannel.getTitle()+".tif";
new FileSaver(correctedGreenChannel).saveAsTiff(fileName);
//correctedBlueChannel.show();
fileName = outputDir+correctedBlueChannel.getTitle()+".tif";
new FileSaver(correctedBlueChannel).saveAsTiff(fileName);
Lors de la conversion d'images 16-bit (entier) ou 32-bit (réel) en image couleur,
il y a toujours une perte d'information, puisque chaque canal d'images en couleurs
ne contient que 8 bits d'information (valeurs entre 0 et 255) .
Cette information est perdue et ne peut pas être récupérés en utilisant la couleur,
le contraste, ou la luminosité.
Malheureusement, c'est exactement la façon standard de produire des images en couleur
à partir d'images en niveaux de gris dans ImageJ, donc si des images avec plus
de dynamique sont utilisées, elles doivent toujours être dégradé en 8-bits avant
d'être convertie en couleurs RVB.
*/
// Do Stack conversions
//---------------------
// ImageProcessor convertion to 8-bit grayscale
// Construction d'une stack d'images avec des valeurs réelles
ImageStack stack = new ImageStack(width, height); // former la stack a convertir en RGB
stack.addSlice("red", correctedRedChannel.getProcessor());
stack.addSlice("green", correctedGreenChannel.getProcessor());
stack.addSlice("blue", correctedBlueChannel.getProcessor());
// Constructs an ImagePlus from a stack.
title = "ImageStack 32-bit (avant conversion)";
ImagePlus imp_corrected = new ImagePlus(title, stack);
if (debug==1) {
String fileName = outputDir+imp_corrected.getTitle()+".tif";
new FileSaver(imp_corrected).saveAsTiffStack(fileName);
}
/* 1. Quand la variable doScaling == false:
Tous les pixels en dessous de la valeur de certains niveaux de gris sont mises à 0
et tous ceux qui figurent au dessus de la valeur maximale (pour les images 8-bit)
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