Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
Figure (4) : cellules fibroblastes irradiées montrant la présence de cassures
double-brin sous forme de foci -H2AX
Figure (5) : fluorescence bleue au niveau de la chromatine dans les noyaux
marqués au DAPI
Plusieurs résolutions sont disponibles. Les résolutions utilisées durant l’acquisition ont été faites en :
- Résolution standard 1360x1024 pixels
- Haute résolution 4080x3072 pixels
Avec un grossissement 10X, on peut observer plusieurs centaines de noyaux. En grossissement 100X, on
peut avoir 3 ou 4 noyaux en moyenne par champ
A la longue, l’illumination des cellules engendre un phénomène de « fading », c’est à dire une perte de
fluorescence ; il faut alors augmenter le temps de pose pour avoir une intensité équivalente dans
l’image.
L’analyse des lames irradiées a permis de constituer un lot de 123 images différentes dont la notation
originelle est « image_x » avec x=1 à 123. Une pré-analyse de ce lot d’image a permis d’éliminer les
images « ratées » à la suite d’une mauvaise manipulation ou configuration. Après ce premier tri les
images ont été classées en 5 catégories et renumérotées
Images Dapi
Ces images ont été acquises avec un grossissement 10X et un temps de pose de vue de 100 ms. Les deux
modes de résolutions ont été utilisées:
Haute résolution (4080x3072 pixels) pour les images « fibro_dapi_10x_HR_1 à 5 »
Résolution standard (1360x1024 pixels) pour les images « fibro_dapi_10x_RS_1 à 5 »
Images 100X
Ces images ont été acquises avec un grossissement 100X . Pour chaque champ sélectionné, deux images
différentes ont été acquise :
une en mode Dapi avec un temps de pose de 50 ms ;
une en mode H2AX avec un temps de pose de 1 s.
Les images sont en haute résolution (4080x3072 pixels). La numérotation des images permet d’associer
les images par paires et donc d’avoir les deux modes par champ acquis
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