Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08
}
else {
showMessage("Analyse avortee", "Pas de selection dans l'image DAPI, donc pas de
foci...");
print("Aucune selection de noyau dans l'image");
}
// Fermeture image H2AX
if (isOpen(fileH2AX)) { selectWindow(fileH2AX); close(); }
} // Fin de boucle principale sur les couples d'images DAPI/H2AX
//select Log-window
selectWindow("Log");
// Save log file
path = working_path+fileH2AX+"_log"+".txt";
saveAs("Text", path);
// Summary (Recapitulatif de toutes les mesures sur foci par noyau)
//
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
// 'Analyze Particles' recapitule dans une table 'Summary':
// - Slice : Nom de l'image H2AX cible
// - Count : Nb de foci enumeres dans l'image
// - Total Area : Cumul de l'aire de tous les foci
// - ...
// Sortie des resultats pour chaque noyau dans un fichier summary de type .txt
selectWindow("Summary");
path = working_path+"Summary.txt";
saveAs("Text", path);
//------------------------------------------------------------------
// Plot de verification ==> histogramme du nombre de foci par noyau
//------------------------------------------------------------------
// Tri des noyaux par nb de focis
print("\nRecapitulatif (max:" + maxFociByNuclei+")");
xLimit=yLimit=0;
xMinLimit=yMinLimit=0;
nBins=0;
for (n=0; n0) {
print("cumFreq["+n+"] = "+cumFreq[n]);
nBins++;
print(cumFreq[n]+" noyau de "+n+" foci");
if (cumFreq[n]>yLimit) {yLimit = cumFreq[n];}
if (n>xLimit) {xLimit = n;}
if (xMinLimit==0) {xMinLimit = n;}
}
}
print("");
print("Noyaux retenus = ", nbTotalNuclei);
print("yLimit = ", yLimit);
print("xLimit = ", xLimit);
print("xMinLimit = ", xMinLimit);
print("\nPlot graph");
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