Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
// A ce stade, le ROI Manager contient les masques potentiels que l'utilisateur peut accepter ou rejeter
// les ROI sont rangées dans une pile, on va extraire en tete de pile chaque ROI,
// l'afficher sur l'image DAPI, la valider ou pas.
// Si elle est validée, elle est rangée en queue de la pile du ROI Manager en le renomant, alors que la ROI
// originelle, en debut de pile est effacée
// On boucle sur les masques potentiels des noyaux (ROI)
for (roi = 0; roi on selectionne le premier de la liste
roiManager("Select", 0);
// on efface ce qui est a l'exterieur de la ROI
run("Clear Outside");
// On remplace le polygone de la selection courante par son envelloppe convexe
run("Convex Hull");
// on ajoute cette ROI en fond de liste du ROI MAnager
roiManager("Add");
// On update les modifs du ROI Manager
roiManager("Update");
// on selectionne la derniere ROI en fin de ROI Manager
roiManager("Select", roiManager("count")-1);
// on la renome
roiManager("Rename", "Cell_"+roi);
// on reprend l'image DAPI dans le windows manager
selectImage(fileDAPI);
// on selectionne la derniere ROI en fin de ROI Manager (Cell_x )
roiManager("Select", roiManager("count")-1);
roiManager("Update");
// on a l'image dapi avec la ROI autour du noyau correspondant
// et l'on va demander à l 'utilisateur de valider cette ROI
msg = "Etes-vous d'accord avec le masque du noyau?";
if (getBoolean(msg) == true) {
}
else {
}
// mise a jour la table des etats de validation des ROI
sel_names[roi]=true;
// On crée une nouvelle image 8-bit appelé "Mask"
// les pixels prennent la valeur [255] à l'intérieur et [0] à l'extérieur
run("Create Mask");
// On selectionne le masque dans le windows manager
selectImage("Mask");
// On incremente le nombre total de noyaux retenu
nbTotalNuclei++;
// mise a jour la table des etats de validation des ROI
sel_names[roi]=false;
// On selectionne la derniere ROI en fin de ROI Manager (Cell_x )
roiManager("Select", roiManager("count")-1);
// On delete cette ROI portant le nom Cell_x qui n'est pas acceptée
roiManager("Delete");
// On selectionne la premiere ROI en debut du ROI Manager (xxxx-yyyy)
// Cette ROI est la ROI courante de la boucle, c'est celle qui a servi de base
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