Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\PLU_RGB_Avg_v3_.java jeudi 22 juillet 2010 16:22
/*
*/
PLU_RGB_Avg_v3_.java
Last update : 10/06/2010
Plugin ImageJ ecrit pour ameliorer la qualite des images de
microscopie par immunofluorescence a partir d'images de calibration.
Usage:
- Ouvrir une ou plusieurs images TIFF de PLU de type RGB couleur.
- Donner un nom pour creer le fichier log recapitulatif.
- Projection des PLU
- Choisir une image a corriger (condition d'acquisition conforme).
- Les composantes sont corrigees independamment.
- La stack de l'image est fusionnee en une image RGB finale.
- Controle de l'aspect de l'image corrigee.
Pour des images en resolution 4080x3072, augmenter la memoire (Edit/Options/Memory=1500)
import ij.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*;
import java.awt.*;
import ij.plugin.filter.*;
import ij.plugin.PlugIn;
import ij.io.*;
import javax.swing.*;
import java.io.PrintWriter; // PrintWriter
import ij.io.FileSaver;
import java.io.*;
import ij.plugin.RGBStackMerge; // RGB Splitter
import ij.measure.*;
import ij.process.ImageStatistics;
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
// FileChooser
import javax.swing.JFileChooser;
import javax.swing.filechooser.FileFilter;
import javax.swing.filechooser.FileNameExtensionFilter;
import ij.io.Opener;
// Utilities
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Date;
import java.text.DateFormat;
import java.text.SimpleDateFormat;
// Array of constantes (operator)
import ij.plugin.ZProjector;
// Use Logger in any java application
import java.util.logging.*;
// Use DecimalFormat
import java.text.DecimalFormat;
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