Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08
{
// ouverture du fichier contenant la ROI d'un des noyaux dans un fichier zip
open(Cell_selection_names[j]); // Cell selection
// On recharge le masque du noyau courant
roiCurrentName = call("ij.plugin.frame.RoiManager.getName", 0);
// On test si le fichier existe
if (!startsWith(roiCurrentName, "Cell_")) {
showMessage("Summary loop", "Unexpected cell name '"+roiCurrentName+"'");
exit("No Cell selection");
}
// On reactive l'image depuis le Windows manager
//selectImage("Mask_foci.tif");
selectImage("Mask_foci_"+fileH2AX);
// On active la ROI sur l'image courante
roiManager("Select", 0);
// Recherche des focis a l'interieur de la ROI par la commande run("Analyze Particles..)
// Le tableau "result" est rempli a partir de l'analyse de l'imahge H2AX dans la ROI du noyau
run("Analyze Particles...",
"display results size="+MIN_FOCI_THRESH+"-Infinity pixel circularity="+
COUNT_FOCI_THRESH+"-1.00 exclude include add summarize");
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
"title=
}
}
// On deselect la ROI courante correspondant au noyau
// pour sauvegarder l'ensemble du ROI manager (le ROI Cell_x et le(s) ROI foci)
roiManager("Deselect");
// Sauvegarde des ROIs du manager (masque d'un noyau) augmenté des ROIs de foci
roiManager("Save", Cell_selection_names[j]);
roiManager("reset");
// Sauvegarde Measurements des foci du noyau courant dans un fichier résultat excel
selectWindow("Results");
path = working_path+fileH2AX+"_"+roiCurrentName+".xls";
saveAs("Measurements", path);
// On print le resultat de l'analyse
print("le noyau n°"+(j)+" compte "+nResults+" foci");
// On upgrade l'histogramme du nombre de foci par noyau
cumFreq[nResults]++; // incremente compteur
// Efface la table des resultats
run("Clear Results");
// O ferme le maximum de fenetres
//if (isOpen("Mask_foci.tif")) { selectImage("Mask_foci.tif"); close();
if (isOpen("Mask_foci_"+fileH2AX)) { selectImage("Mask_foci_"+fileH2AX); close();
}
// Fermeture des masques
if (isOpen("Mask of DAPI")) { selectWindow("Mask of DAPI"); close(); }
if (isOpen("Mask")) {selectImage("Mask"); close(); }
if (ROI_Manager_Cell_size > 0) {
//Espace réservé pour des Sauvegarde utilisateurs
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