Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\PLU_RGB_Avg_v3_.java jeudi 22 juillet 2010 16:22
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
/*
*/
sont mis a cette valeur maximale qui est 255.
Ca revient a effectuer un seuillage!
2. Quand la variable doScaling == true:
Toute la plage des pixels est utilisee meme si min/max ne l'utilise pas
Conversion en niveaux de gris 8-bit les 3 image 32-bit grayscale.
ImageJ convertit les images 16-bit et 32-bit en 8-bit
avec une echelle linéaire de min-max à 0-255,
où min et max sont les deux valeurs affichées dans
"Image>Adjust>Brightness/Contrast".
La commande "Image>Show Info" affiche ces deux valeurs comme plage d'affichage.
REMARQUE :
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Cette extension ne se fait pas si "Scale When Converting" n'est pas coché dans
"Edit>Options>Conversions".
Avec les stacks, toutes les slices sont scalees a 8-bit en utilisant les min et
max de la slice en cours d'affichage.
// Converts 32-bit grayscale to 8-bit grayscale.
ImageProcessor ipr = correctedRedChannel.getProcessor().convertToByte(doScaling);
correctedRedChannel.setProcessor(ipr);
ImageProcessor ipg = correctedGreenChannel.getProcessor().convertToByte(doScaling);
correctedGreenChannel.setProcessor(ipg);
ImageProcessor ipb = correctedBlueChannel.getProcessor().convertToByte(doScaling);
correctedBlueChannel.setProcessor(ipb);
if (debug==1) {
String fileName = null;
String fileNameExtension = "_convertToByte(scale="+(doScaling?"true":"false")+
").tif";
fileName = outputDir+correctedRedChannel.getTitle()+fileNameExtension;
new FileSaver(correctedRedChannel).saveAsTiff(fileName);
fileName = outputDir+correctedGreenChannel.getTitle()+fileNameExtension;
new FileSaver(correctedGreenChannel).saveAsTiff(fileName);
fileName = outputDir+correctedBlueChannel.getTitle()+fileNameExtension;
new FileSaver(correctedBlueChannel).saveAsTiff(fileName);
}
/*
if (debug==1) {
}
*/
//correctedRedChannel.show();
//correctedGreenChannel.show();
//correctedBlueChannel.show();
IJ.showMessage("Les 3 composantes RGB de la stack 32-bit ont ete converties en byte.");
// Converts a 3 slices 8-bit stack to RGB.
ImageStack redStack = new ImageStack(width,height);
redStack.addSlice("redConvertToByte", correctedRedChannel.getProcessor());
ImageStack greenStack = new ImageStack(width,height);
greenStack.addSlice("greenConvertToByte", correctedGreenChannel.getProcessor());
ImageStack blueStack = new ImageStack(width,height);
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