Analyse avec le logiciel imagej d'un lot d'images en microscopie par ...

C:\Documents and Settings\montarou\Bureau\correction\chandez\Macro_GM_CCQ_v9.txt jeudi 22 juillet 2010 16:08
// Macro_GM_CCQ_v7.txt
// Macro_convex_hull_distribution.txt (video)
// Last uUpdate : 21/07/2010
/**
*Cette macro simplifie la tache de comptage des focis par noyau et de mesure
*des caracteristiques des focis dans des cellules marques au DAPI et au H2AX.
*Les images de masque, les ROI et des focis reperes sont stockes dans une stack.
*Une boite de dialogue demande un dossier contenant deux sous-dossiers *obligatoirement*
*nommes DAPI et H2AX pour automatiser les traitements et repeter les mesures.
*
* @auteurs Frederic Chandez &G Montarou
*/
in2p3-00530281, version 1 - 28 Oct 2010
macro "Macro_GM_CCQ_v9" {
// Realise l'analyse (surface, position, en pixels) des images de cellules de fibroblaste irradiées à l'ESRF
// Instructions:
// - Dans un repertoire quelconque, creer 2 dossiers appeles 'DAPI' et 'H2AX' contenant les images à analyser.
// - Les images Tiff, (DAPI et H2AX), à analyser doivent etre triees dans le meme ordre pour etre appariees correctement lors de l'analyse
// - Lancer la macro par la touche [g] ou dans "Plugins>Macros>Run".
// Elle boucle sur l'ensemble des images des deux repertoires.
// - La macro propose automatiquement une selection pour chaque noyau analysé:
// . Accepter ou rejeter la selection. ==> 'Yes' ajoute la selection au ROI manager, 'No' la supprime.
// . Les selections sont renommees (prefixe "Cell_")
// - En fin d'analyse, les resultats sont sauvés dans le repertoire parent:
// . Les selections (ROI) sont sauvees dans les fichiers termines en '.zip'. (qu'elles soient multiple ou unique).
// . Les resultats des analyses (mesures de surface, perimetre, position et ratio divers) des focis par noyau sont places dans les fichiers .xls
// . Les stack d'images memorisent les masques ayant servis à la quantification.
requires("1.44c");
version = "9";
FS = File.separator();
print("\\Clear");
// Définition des repertoires de travail (images DAPI et H2AX)
dir = getDirectory("Choisir le repertoire racine de ss-repertoires DAPI et H2AX :");
working_path = dir;
print("\nRepertoire de travail:\n " + working_path);
// Definition du chemin du sous repertoire des images DAPI
DAPI_path = working_path + "DAPI" + FS; print("Dossier image DAPI:\n " + DAPI_path);
// Extraction des fichiers présents dans le repertoire DAPI
fileListDAPI = getFileList(DAPI_path);
// Definition du chemin du directory H2AX
H2AX_path = working_path + "H2AX" + FS; print("Dossier image H2AX:\n " + H2AX_path);
// Extraction des fichiers présents dans le repertoire H2AX
fileListH2AX = getFileList(H2AX_path);
// Test de la longueur des piles d'images DAPI et H2AX
// Si nombre de fichiers DAPI et H2AX differents ==> erreur
if (fileListDAPI.length != fileListH2AX.length) {
showMessage("Cette macro necessite des couples d'images",
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